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家蠶絲腺單細胞轉錄組圖譜繪成
6月14日，科技日報記者從西南大學獲悉，該校家蠶基因組生物學國家重點實驗室徐漢福教授課題組近日在《自然·通訊》上發表了題為“家蠶產絲器官的單細胞轉錄組圖譜”的論文，研究以單細胞分辯率揭示了家蠶絲腺的全細胞異質性，並繪製出其基因轉錄組圖譜。
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通過SirNeoblasts單細胞轉錄組，西湖大學雷凱課題組揭示渦蟲成體幹細胞新發現
渦蟲是一種可用於研究組織再生的模式生物，其體內遍佈具有多能性的成體幹細胞，但現時渦蟲體內的多能成體幹細胞群還需要進一步鑒定。不過，X1和SirNeoblasts是否是同一類細胞還未在單細胞水准上進行驗證。該研究在單細胞層面證實了SirNeo
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中國科學院遺傳與發育生物學研究所張勁松研究組發現促進大豆油脂積累的轉錄調控模塊
大豆富含脂肪酸，是一種極其重要的油料作物。多年來研究人員一直在努力探究大豆種子油脂合成和積累的分子機制，並充分解析了脂肪酸合成途徑。對其調控機理的研究還很缺乏。該項研究揭示了由三個重要的轉錄因數組成的相互協作的轉錄調控模塊。在大豆中過量表達
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北大丨BIOPIC湯富酬教授/文路副研究員與合作者揭示垂體瘤轉錄組特徵
基因組學研究發現40~60%的生長激素瘤有GNAS基因突變，40~60%促腎上腺皮質激素瘤有USP8突變，但60%垂體瘤未發現基因突變，病因不明。傳統轉錄組學未能有效解決這個問題。另外，多激素垂體瘤和侵襲性垂體瘤是否存在瘤內細胞異質性，也是
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Nature子刊，|，四川農業大學李明洲等揭示多種猪組織的轉錄組變異性
對猪進行全面的轉錄組調查，可以從機理上瞭解經濟上有價值的性狀背後的組織特化過程，並加速其作為生物醫學模型的使用。對猪和其他9種脊椎動物的7個組織的轉錄組進行了比較分析，揭示了轉錄的進化差异可能有助於線型特异生物學。
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遺傳發育所錢文峰研究組在單細胞分辯率繪製水稻幼苗葉和根的轉錄組圖譜
新興的單細胞轉錄組測序科技使高通量探究細胞的功能分化成為可能。中國科學院遺傳與發育生物學研究所錢文峰研究組應用單細胞轉錄組測序科技，獲得了水稻幼苗葉和根超過二十萬個單細胞的轉錄組資訊，利用已報導的細胞類型標記基因和原位雜交科技，對每個細胞的
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上海交大生科院俞章盛團隊Nature，Communications發文，GapClust方法能够高效準確地從大量單細胞轉錄組中發現稀有細胞群體
為此，團隊開發了一款全新的方法GapClust來實現單細胞轉錄組中稀有細胞類型的準確識別。該方法基於稀有細胞群體與周圍細胞類群之間存在的相對較大距離所引發的稀有細胞群體與周圍近鄰細胞距離的驟然變化設計二階導導數類似統計量來捕捉稀有細胞群體。
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Science，陳玲玲組和劉珈泉組合作發現長非編碼RNA對細胞核仁結構和RNA聚合酶I轉錄的重要調控機制
2017年陳玲玲組發現一條兩端以snoRNA結尾的新型長非編碼RNA—SLERT定位在細胞核仁，SLERT直接結合核仁蛋白DDX21並調控其形成的環狀結構的大小進而促進RNA聚合酶I轉錄。
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基於代謝組和轉錄組分析揭示了三個不同季節茶樹新梢的代謝物變化規律及類黃酮調控網絡
本研究重點分析了茶樹新梢代謝產物在不同季節間的變化規律及其在轉錄水准上的調控機制。基於超高效液相色譜-四極杆-離子阱質譜聯用技術分析了10份茶種質春、夏、秋3個季節新梢的代謝物特徵，並結合轉錄組重點聚焦到苯丙素/類黃酮途徑的代謝產物及其關鍵
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北大生命科學學院李程研究組與合作者揭示胎肝造血幹細胞擴增功能單元“HSC，PLUS”
但是，造血幹細胞來源不足卻是限制其推廣的瓶頸。在脊椎動物胚胎發育過程中，胎肝是造血幹細胞擴增的天然場所。在這裡造血幹細胞進行快速的擴增，並能保持較强的幹性[3,4]。全面、系統、立體化地解析這一擴增性造血器官，將為體外擴增造血幹細胞提供理論
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中科院動物所劉峰研究組合作揭示胎肝造血幹細胞擴增功能單元“HSC，PLUS”
在脊椎動物胚胎發育過程中，胎肝是造血幹細胞擴增的天然場所；在這裡造血幹細胞進行快速的擴增，並能保持較强的幹性[3,4]。全面、系統、立體化地解析這一擴增性造血器官，將為體外擴增造血幹細胞提供理論指導。
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Nature子刊，|，連續取得進展！北京大學伊成器團隊開發新的科技，揭示了人類轉錄組中的動態m6Am甲基化
N6,2'-O-二甲基腺苷是與mRNA帽相鄰的末端修飾，是一種新發現的可逆RNA修飾。然而，缺乏直接映射全轉錄組m6Am的特定且敏感的工具。m6Am-seq直接區分m6Am和5'-UTRN6-甲基腺苷，並能够以單堿基分辯率識
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遺傳發育所魯非研究組開發高效率群體轉錄組研究科技
現有的全基因組水准的大規模測序以及高品質泛基因組的組裝，為大規模轉錄組研究提供了廣闊的空間，迫切需要高效的RNA-Seq科技進行深層次生物學解析。通過在六倍體麵包小麥中SiPAS效能的測試實驗，證實了SiPAS具有高水准的靈敏度、準確性和可
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任兵/莊小威/曾紅奎等知名學者聯手發表17篇Nature，全面繪製了哺乳動物初級運動皮層細胞類型的特徵
該BICCN項目的旗艦論文發表在Nature上，旨在通過描述各種分子、佈線和功能組件如何結合在一起，建立運動皮層細胞類型組織的統一框架。
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東北林大林木遺傳育種國家重點實驗室研究組發現楊樹應拉木形成的轉錄調控網絡
關於應拉木形成的生物學過程，之前多是在解剖結構及化學成分層面的研究，其分子調控機制尚不清楚。該研究得到國家重點研發計畫和國家自然科學基金等項目的資助。
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山西醫科大學牛僑教授團隊在《Molecular，Therapy-Nucleic，Acid》發文，利用全轉錄組測序揭示預防和治療鋁神經毒性作用的生物靶點
該研究鑒定了167個miRNA、37個lncRNA、256個mRNA和64個circRNA表達發生明顯改變，表示它們可能參與了鋁的神經毒性過程。以上結果表明miR-96-5p靶向調節IRS1參與了鋁的神經毒性過程。
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清華生命學院張强鋒課題組和醫學院胡小玉課題組聯合開發低起始量全轉錄組RNA二級結構量測新技術
RNA分子能够折疊成複雜多變的結構，對轉錄後調控和非編碼RNA執行特定功能至關重要。活細胞內部RNA結構檢測科技是解析RNA結構如何參與調控各項生理過程的基礎。然而現有的RNA結構檢測科技不僅操作繁雜，還對RNA起始量有著很高的要求，這一局
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上海交大尹若賀研究組發現蕃茄響應紫外光UV-B新機制
現時設施栽培是我國蕃茄栽培的主要形式。設施栽培中光照對壯苗和蕃茄品質等具有重要影響。紫外光UV-B是太陽光中的一個有機組成部分。研究發現光受體UVR8通過調控大量基因轉錄表達變化行使其生理學功能。
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Nucleic，Acids，Research｜同濟王晨飛課題組開發空間轉錄組分析算灋STRIDE
STRIDE首先從單細胞數據中學習訓練出細胞類型相關的主題模型，接著將該主題模型應用於空間轉錄組數據中，以獲得每一個空間位置上的主題分佈，從而推測其精確的細胞組成（圖1）。此外，STRIDE還提拱了包括空間特徵識別及視覺化、空間聚類以及三維
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浙大卓巍/周天華課題組《Nature，Communications》揭示腸道菌調控宿主錶觀轉錄組修飾促進結直腸癌轉移機制
結直腸癌是常見惡性腫瘤之一，嚴重危害我國人民健康。儘管結直腸癌的治療手段不斷發展，但晚期轉移性結直腸癌患者的預後生存仍然不理想，我們需要對結直腸癌的轉移機制有更深刻的認識。首次揭示了人腸道特殊菌群的紊亂可能改變人宿主腸癌上皮細胞的錶觀轉錄組
標籤: 大腸癌 轉錄組 腸道菌群
數學與系統科學研究院研究人員開發空間轉錄組生物組織亞結構解析新工具（張世華等）
組織切片中具有相似基因表達空間模式的區域形成組織中特异的亞結構。精確破譯空間域是空間轉錄組數據解析中最基本和關鍵的環節。簡而言之，該工作開發了結合空間與表達資訊的生物組織亞結構解析新工具STAGATE。隨著空間轉錄組科技的日益推廣和數據的不
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Nat，Neurosci，|，單細胞空間轉錄組發現帕金森病行程中致病脆弱神經元
如再被問及“空間單細胞組學，是如何幫助我們提升對醫學疾病的理解”時，我會列舉這篇論文來講述……帕金森氏疾病是中老年人常見的神經退行性疾病，其主要病理特徵為中腦區域深處結構黑質緻密部釋放的多巴胺神經元發生變性退化。然而，即便在帕金森氏病惡化的
標籤: 多巴胺 轉錄組 神經元細胞 多巴胺受體 帕金森病
中國科大實現多種空間轉錄組分析算灋的系統性評估
近日，中國科學技術大學生命科學與醫學部瞿昆教授課題組通過設計一整套分析流程，系統性評估了16種空間轉錄組和單細胞轉錄組數據綜合算灋在預測基因或細胞類型空間分佈方面的效能。這些算灋大大加深了我們對空間轉錄組學數據及相關生物學和病理過程的理解。
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清華生命學院楊雪瑞課題組開發深度學習工具DeepLinc，使用單細胞空間轉錄組數據構建細胞互作網絡
作為近年來科技發展的前沿，單細胞空間組學科技同時提供了生理組織中細胞的空間定位及細胞內基因組、轉錄組、蛋白組等定量組學數據。細胞空間定位資訊與分子特徵譜的耦合為解析組織中細胞組裝與互作關係、理解組織的形成與功能提供了前所未有的豐富資訊。
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