因为苏伊士运河全程没有水位落差，也就没有巴拿马运河那样的船闸，航道宽度达到300米左右，所以在很多人的印象里它是不分昼夜双向通航的。但实际上船过苏伊士运河不是随到随走的自由行，而是踩着严格时间节点的导游带团。通过舰船必须强制接受埃方引航，编队通行。期间须升起埃及国旗，在船艏安装苏伊士运河灯，驾驶室两侧安装桥舷投光灯，在尾灯上方设置一盏专用红色尾灯，并用船上吊车吊上两条带缆艇备用。
苏伊士运河全长193.3公里，包括北侧入港引航航道22公里、主运河162.3公里和南侧入港引航航道9公里，期间穿过大苦湖和小苦湖等4个天然湖泊，航道水深23-24米，宽度215（北侧）-195（南侧）米，通航吃水限深20米、限宽78米、限高68米，这个尺度几乎就是比照美国超级航母制定的。在运河内满载油轮限速12公里/时，其余舰船为14公里/时。
在2015年8月之前，因为航道宽度不足，过往船只需组成编队在引水船的护航下分段单向通过，类似过去单线铁路的行驶方式。
2015年8月6日，历时一年、耗资82亿美元的新苏伊士运河开通。它并不是一条全新的运河，而是在老运河的中段平行开凿了35公里的新河段，加上37公里旧有航段的拓宽和加深（主要位于大苦湖），使全程37%的航段可以双向行驶，等于是修了条复线。通过时间从18小时缩短到11小时，日通过船只数量从49艘提高到97艘，效率翻倍。
在苏伊士运河管理局的官网上（www.suezcanal.gov.eg）有一段非常形象的动画演示，说明苏伊士运河通航的程序。每天南北向各组成2个编队，分别是“先头群”和“护航群”。按规定，所有船只必须在前一晚23点之前抵达指定锚地加入编队。下面的时间仅供参考，可能根据季节、天气、编队船只数量等因素进行调整。
午夜0点，南先头群从苏伊士港、北先头群从塞得港进入运河（下图左侧为北，右侧为南，船只航速和相对位置不按真实时间比例）：
南北两支先头群编队分别约在4点半和8点进入大苦湖，停泊在东、西两个锚泊区抛锚等候：
凌晨3点半，埃及港口引水员登上护航群船只，引导它们抵达报告线后的指定灯浮位置。20分钟后第二名运河引水员登船接班，运河电工和带缆工也登船作业。
4点整，北护航群从塞得港出发。4:30，南护航群从苏伊士港出发：
因为出发时间和航速经过科学计算，这两个编队可以做到全程双向通行，互不干扰，有点类似于走华容道的游戏：
中午11:30，南护航群的第一艘船和北护航群的最后一艘船在第51公里处交汇。同一时间，北护航群的第一艘船和南护航群的最后一艘船在大苦湖内的第122公里处交汇：
南北护航群通过后，等候在大苦湖锚泊区的先头群再拔锚启航，殿后通过。之所以这样安排是因为先头群通常编入航速较慢的巨型油轮，利用大苦湖作为中途避让点，正好错开航道的占用时间，提高通过效率：
从4:00开始算全程航行时间约11小时，南护航群最早出发的船只可以在15:00左右驶入地中海：
穿过苏伊士运河固然可以节省大量的航程、时间和运费，但是过运河本身的收费是非常昂贵的，无论是航母还是油轮没有例外。苏伊士运河的过河费按吨位分级，而且这个吨位的计量不是船舶的排水量。大型商船在下水时就分别确定了一个巴拿马运河吨位和苏伊士运河吨位，是两个运河管理当局根据各自的规范核定丈量的吨位，其净吨位比《国际吨位丈量公约》规定的标准数值大，以获取更高的经济利益。每艘船通过时都必须向运河当局交验《运河吨位证书》，以此作为计价基础。
每天世界上14%的海运贸易量、12%的全球贸易量、8%的液化天然气和10%的海运原油（约300万桶）通过这个咽喉运输，2019年苏伊士运河的全年收入为58亿美元，日均通过量为50艘，单向通行一次平均收费高达30万美元。当年8月2日创造了单日通行81艘的纪录，也远未达到它97艘的设计上限。如果不赶时间，很多船东宁可绕行好望角，多花约一个星期的时间可以节省20多万美元。
2020年因为全球疫情影响苏伊士运河收入下降了3%，为56.1亿美元。全年通过船只18829艘（比2019年少51艘），包括5006艘油轮，总吨位11.7亿吨（比2019年少0.4亿吨）。为此今年1月3日苏伊士运河管理局宣布2021年通过费用不涨价！
军舰通过须提前30天报告埃及外交部、国防部以及苏伊士港口和灯标管理局，当然以美国和埃及的盟国关系，紧急情况或许可以破例特批。但是从头一天23:00编队到15:00驶出这16个小时的通过时间是不能再压缩了，埃方唯一能做的或许是预留好护航群最靠前的位置，让航母打击群到达后直接开始编队。
航母通过时还需要进行特殊准备。因为运河两侧都是沙漠，距离航母仅仅一两百米的距离，风沙对舰载机的影响非常大，如果遇到恶劣天气会尽可能把飞机移入机库。留在飞行甲板上的飞机需加盖篷布，并用封带把各种口盖、缝隙封住，这通常要花费舰员整整一天时间准备。通过时海军陆战队员会全副武装在甲板四周警戒，运河当局会排拖轮跟随在每一艘大型战舰后方监控航道安全。
