“哭廟案”被不少人視為江南紳士幻想破滅的標志，清廷用幾十名士子的人頭告訴他們，別想再過明末那種隨意抗糧欠稅的好日子了。那么金聖嘆在這個案子里，到底扮演了什么角色呢？
自順治十六年為解決軍餉吃緊的問題，清廷決定加緊催繳各地積欠錢糧。為此朝廷任命朱國治為江寧巡撫，負責江南右布政使司（蘇州、松江、常州、鎮江和江寧府溧陽縣）下轄地區的錢糧征收。
注：明清兩朝地方欠稅並不是拒繳朝廷正稅，是民間對正稅之外加派的一種自然反抗。朝廷和民間也就此保有一種默契，即朝廷每加稅十分，稅民就相應拖欠三四分。
朱國治的鐵桿吳縣（蘇州府首縣）知縣任維初為完成任務采用暴力逼稅，凡欠糧不清者都要打二十到四十大板（為加強傷害，任要求行刑的竹板要先用人尿浸透）。不少人被打成重傷而且有一人被他當堂打死，搞得蘇州地區民怨很大。
在矛盾快積累到爆發點時，順治帝駕崩了。
順治十八年二月初二，蘇州府官衙搭起了靈堂，江寧巡撫朱國治、巡按張鳳起率蘇州府各級官員齊聚吳縣准備“哭靈三日”。吳縣的士子們在生員倪用賓的號召下聚集上千民眾，於二月初四在蘇州府官衙門前“跪遞揭貼”。
他們狀告知縣任維初在催征錢糧過程中濫用刑罰打死一人，而且倒賣國庫糧食、貪沒錢糧，搞得民怨沸騰。朱國治沒把他們的狀告當回事，反以“鬧擾哭靈”為由抓捕為首的五名士子。
順治十八年，大行皇帝遺詔至蘇，巡撫以下大臨府治，諸生從而訐吳縣令不法事，被系者五人。翌日，諸生群哭於文廟，復逮系至十三人。
《吏部考功司員外郎顧先生予咸墓表》
為朝廷求治反被下獄，這下蘇州府的士子炸鍋了。第二天他們齊聚吳縣文廟，向至聖先師哭訴不公和怨氣。在傳統的“清議”觀影響下，這事兒就上綱上線了。朱國治為壓住事態，一邊繼續抓冒頭的，一邊讓張鳳起公開審查揭帖里的事項。
注：“清議”原指東漢末年，官僚、名士和京師太學生對朝廷弊政（宦官專權）的批判和干預。因為這種半民間的運動，有助於朝廷和士紳這個群體緩和矛盾，並且不會危及皇權的統治，所以各朝都允許和支持（至少是明面上）同類活動的存在。
此時還沒金聖嘆的事兒，因為他不僅不在被抓的行列，也沒有直接參加“跪遞揭貼”和哭廟。他只是替士子們寫了那份著名的《哭廟文》，表達冤屈和控訴任維初。
如果事情就這么發展下去，朱國治大概率也沒功夫去找他的茬，但張鳳起審案效率太高了。
當天吳縣糧倉的總書（類會計）吳行之供認，按照知縣任維初的要求，確實賣了四百石糧食，得銀三百二十兩。有總書和賬目作證，任維初也無法抵賴。所以他爽快的承認了此事，但原因不是自己貪，是府台“索饋急”。
不論任維初說的“索饋急”，是暗指上官索賄，還是上官急於向朝廷表現政績。對於位列“府台”之中的朱國治來說，這都是能要他命的事，特別是被自己的政敵拿到朝廷一番添油加醋後。
朱國治馬上叫停了案件的審理，並且想到他正在負責的另一個催稅大案“江南奏銷案”。於是他決定借着朝廷專門打擊江南士紳的機會，把“哭廟案”包裝成江南士紳公然對抗朝廷的罪狀之一。
注：關於“江南奏銷案”筆者有圖文專門介紹，如有興趣可自行翻閱，這里就不展開說明了。
朱國治第二天就上奏朝廷，開始抹黑“哭廟案”並給這個案子上綱上線。
第一，朱國治表示兵餉之所以難以籌齊，全因蘇州府的巨額欠稅，而蘇州府又屬吳縣最為頑固，全縣上下堅決不繳。
第二，吳縣知縣嚴格催繳拖欠，當地民眾不僅不予配合，劣生倪用賓等人還通過游行、聚眾示威等手段施壓縣衙，妄圖逼迫官府放棄追繳。
第三，吳縣士子為達目的，肆意誣蔑朝廷命官。他們所訴之事，均為吳行之一人之詞，完全不可信。
最後，也是最重要的 -- 扣大帽。朱國治覺得這幫士子心思歹毒，專門挑為先帝哭靈的日子搞事。這不僅是目無先帝的大不敬之舉，也表明他們根本不服大清的統治，心中仍然思念着前明，有謀反之念。
注：鄭成功組織的北伐軍，在順治十六年時曾包圍過江寧（南京），當時江南士紳普遍認為反清復明在望。這也是清廷在順治末期、康熙初期借三案（奏銷、哭廟、通海）大規模打擊、清除江南士紳的原因。
清廷收到朱國治的奏報後，命刑部侍郎葉尼等四人前往江寧會同朱國治重審任維初一案，這安排本身已經表明的清廷的態度 -- 朝廷認可了朱國治的看法。
所以將相關人犯、人證押赴江寧重審時，任維初一路是騎馬的，生員倪用賓、薛爾張、姚剛、王仲儒等十一人是戴着枷鎖走過去的。四月初八開審後，根本就不問倒賣公糧的事，只是嚴刑拷打眾生員，要求他們交待謀反罪行。
連審十幾天，眾生員雖然被打得死去活來，但無人承認謀反之事。朱國治也覺得他們人微言輕，不足以戴謀逆的帽子。於是他就看上了寫《哭廟文》的“大名士”金聖嘆，四月二十六日下令捕金聖嘆至江寧受審。
金到案後，雖然也沒有認罪，但朱國治認為已經可以結案了。他和葉尼聯名向清廷匯報了審理結果：任維初無罪，官復原職；金聖嘆、倪用賓、沈琅、顧偉業、王仲儒、薛爾張、姚剛、丁瀾、張韓、來獻琪、丁觀生、朱時若、朱章培、周江、徐玠、葉琪、唐堯治、馮郅等十八人，聚眾鬧事、圖謀造反，擬斬立決。
五月末，清廷批復同意。金聖嘆等十八人，於當年七月十三日（立秋）在江寧三山街被斬首棄市。
雖然金聖嘆在這個案子之前，就因他那張缺乏“顧忌”的嘴在官府掛上了號。但具體到“哭廟案”他真的有些冤，不怪蘇州百姓說“天呀天，聖嘆殺頭真是冤”。
當年金聖嘆還能為自己的冤屈，臨刑時喊喊“疼”。但讓他沒想到的是，幾百年後又被蒙了一層冤，說他是率眾抗糧抗稅自己找死，喊都沒得喊了。
編者附：任維初雖然被判無罪，但當年還是被清廷解職（理由也是涉貪腐、酷刑）。第二年韓世琦接替朱國治任巡撫後，為平民怨以及給自己撈官聲，又把任維初拎出來算舊賬，當年斬於江寧三山街，他也算是個隨波逐流的犧牲品吧。