太平军将领只要被清军活捉，大都被凌迟处死。例如英王陈玉成、沃王张乐行、翼王石达开、辅王杨辅清、启王梁成富、护王陈坤书、北伐统帅林凤祥、安王洪仁发、福王洪仁达、侍王李世贤、总统天将胡永祥等等，可到了李秀成这里，却是个例外。
1864年7月19日，李秀成被曾国藩活捉，曾国藩对刘秀成恨不能食肉寝皮，曾国藩的胞弟曾国华在安徽三河镇就是被李秀成带领的太平军杀死的， 可是到了8月7日李秀成并没有被曾国藩活剐，而是来了个痛快的，一刀砍头！曾国藩还将他尸体用棺木安葬。李秀成到底做了什么让曾国藩对他“网开一面”呢？
一、李秀成十八般刑具基本都尝遍，无所畏惧，凌迟对他多此一举。
李秀成被俘后，被清兵五花大绑推搡到曾国荃的清军兵营，他知道等待自己的是什么，毫不畏惧。
曾国藩的胞弟曾国荃亲自审讯。
曾国荃的亲哥哥曾国华在与李秀成作战时，战死在三河镇，极为惨烈，“骸未收”，死时年仅36岁，曾国荃每想起哥哥就锥心刺骨痛彻心脾，发誓要为哥哥报仇。
一听到刘秀成被俘，他就令人摆列刀、锥等刑具，决定用各种刑具把李秀成折磨死。
他一见到李秀成就迫不及待地狠刺、细割，又“叱勇割其臂股”，而李秀成一点都不怕，一句求饶的话也没有，他“殊不动”。
曾国荃没有看到期望的结果，恼羞成怒亲自动手，“短衣握锥，独身走出”，“遍刺以锥，血流如注”。
此时的李秀成痛斥道：
“曾九！各扶其主，你生什么气？且兴灭无常，今天偶然得逞，就发疯了吗？”
曾国荃面对此斥责，无话可说，他没有权利私自处死李秀成，就将李秀成交给哥哥曾国藩处置。
后来曾国藩将其囚于小木笼之中，天气酷暑难耐，李秀成又遍体鳞伤，那种摧残也基本到极致了。
二、最终对李秀成该怎样处置，曾国藩要听从清廷的命令
天京事变后，太平天国四分五裂，李秀成成为太平天国的中流砥柱，他在很多战场取得接连胜利，例如破江北江南大营、三河镇之战等等，和陈玉成力挽狂澜，在一定程度上扭转了太平天国的危机，在整个天下造成很大影响，洪秀全将李秀成封为“忠王”，假惺惺表扬他忠心可鉴、万古忠义，以此拉拢他利用他。
李秀成自然知道洪秀全的用心，他被俘后曾说：
“那时李昭寿有信往来，被天王悉到，恐我有变，封我忠王，乐我之心，防我之变，我实不知内中提防我也”。
李秀成仍然对洪秀全忠心耿耿，为太平天国转战各个战场奋力作战，他本名字叫李以文、李寿成，因战功卓著而被洪秀全赐名“秀成”李秀成性格耿直，吃苦耐劳，与士兵打成一片，人缘奇好，大家都十分信任佩服他，李秀成大军成为太平天国的主力军，成为清廷重点捉拿的要犯。
太平天国甲子十四年（1864年）正月，天保城失陷，天京被围，随时都能破防。李秀成负责全城防守事宜。三个月后，洪秀全病死，李秀成为保住太平天国，扶立洪秀全长子洪天贵福（即幼天王）嗣位。
面对湘军的掘地道攻城，李秀成沉着应战，一连破了几处地道。蜂拥而至的湘军边挖地道边用炮火猛攻，一万多太平军寡不敌众败下阵来，城门失守。
李秀成回天无力，赶紧奔向洪天贵福，把自己的良驹让给他骑，让他逃出城，自己却骑了一匹普通战马，转身和清军作战。最终因马不给力，被清军擒获，献与湘军将领萧孚泗。
李秀成被捉惹起民愤，乡民爱戴李秀成，为替他报仇，活捉了萧孚泗的亲兵王三清杀死他抛尸水中。
李秀成的影响力遍布整个中华，面对如此“要犯”，曾国藩不敢私自做主去处置他，大方向上他必须听从清廷的决断。
李秀成从被捉到被处死，这中间相隔18天的时间，足够慈禧跟曾国藩书信往来的。
曾国藩是个什么人？
他是历史上著名的政治军事人物，在大清呼风唤雨，各种棘手的难题他都能轻易解决，堪称清朝第一流人物，旷世奇才，毛泽东和蒋介石都非常佩服他。面对李秀成这么个人物，于公于私他一定会处理得非常恰当。
足智多谋、深谋远虑的曾国藩早早就分析透了当时的局势及自己以后的发展趋势。
太平军被剿灭得差不多了，接下来他该考虑他自己和30多万湘军战士的后路问题。
对于朝廷惯用的兔死狗烹的伎俩他早就铭刻在心，自己坐拥清朝的半壁江山，交好的江南官吏众多，自己一生经营的朝廷官员一呼百应，早就形成一股强大的势力集团，加上这越战越猛的30万湘军，怎能让慈禧安心，怎能让清廷放心？怕是慈禧老太后早就做好了对他制裁的准备了吧？
于是，在拿下南京后，曾国藩就立刻功成身退，急流勇退。他急忙令手下建造八旗兵营房，接着上书朝廷，一边恳请慈禧太后让朝廷军队来接管，一边恳请朝廷对湘军进行裁员。
历史上，很多的统治者会用各种手段将军功大臣手里的兵权收回来，而且冠以罪名，曾国藩可不想走到那一步。
他规劝弟弟：
"古来成大功大名者，恒有多少风波，多少灾难，谈何容易？愿与弟兢兢业业，各怀临深履薄之惧，以冀免于大戾。"《曾文正公家书•致沅弟季弟》。
对清廷，曾国藩给出“自削兵权”的理由：湘军常年在外作战，思乡心切，已经没有往日的斗志，"无昔日之生气"，请朝廷恩准将湘军遣散回乡。慈禧顺水推舟应允。
之前曾国藩身边的人，如曾国荃、彭玉麟、赵烈文、观天象的王闿运等人，建议让他自立称帝来个“黄袍加身”，被曾国藩一口回绝了。面对内忧外患，他宁做圣贤去忠君而不做君王。
对于怎么处置李秀成他选择听从清廷的安排。
清廷那边，早就对太平军起义力不从心，连年来对太平军作战，加上洋人的入侵国库早就空虚，清廷已无力投资更多的银子在太平军身上。
慈禧想尽快结束和太平军之间的战斗，因而就想利用李秀成来安抚太平军，彻底瓦解残余的太平军势力和那些支持起义的百姓，而对那些谋逆者又不能失去应有的权威，因而决定对李秀成一刀毙命，不再用残忍的手段去激起民愤。
另外，为了稳定军心民心，慈禧不愿凌迟李秀成。
李秀成对清军比较友好的，叛徒李昭寿叛变了太平天国，李秀成将李昭寿在天京的妻子、儿女等送出城，让他们一家团聚。
李秀成负责的江浙战场，清军名将江南提督张国梁，战死沙场，李秀成将其安葬，并遣返清军，给他们银两回家。
完胜江浙战场后，清军巡抚王有龄自杀，李秀成拨发银子让清军护送他回籍安葬。对不愿投降的清军，让他们回家。
李自成的这些表现都是因为他有一个心愿，想争取人心，让更多的清军归顺太平天国，和清军相比他对对手是太友好了。
因而有一些清军对李秀成是很佩服的，甚至曾国藩，李鸿章。曾国藩在他死后却“甚怜之”。 李鸿章：“既深佩其狡猾，更嫉恨其忠勇”。
三、曾国藩有不可告人的秘密，想尽快对李秀成封口
李秀成被投入大牢，7月28日，曾国藩与李秀成密谈了很长时间，30日李秀成开始写自己的自述，他奋笔疾书，以每天7000字的速度写下数万字的自述，全书无结尾。
他用了9天的时间写出了长达74页（双面书写）三万六千一百余字的供词，事实上比这些还要多。
写好后，曾国藩首先过目，将“其别字改之，其谀颂楚军者删之，闲言重复者删之，……言招降事宜有十要，言洪逆败亡有十误，亦均删之”。原稿卷末第74页以后的内容部分被撕去。
最终，李秀成供状只剩两万多字。
曾国藩为什么要删除李秀成的供状？
学者们对此很感兴趣，不断研究，有人说，李秀成透露了天京藏宝的数量，湘军瓜分了财宝。
而曾国藩在给朝廷的奏折中，隐瞒了天京内有财宝的事。曾国藩怕清廷知道后制裁，就将不利于自己的部分撕去或更改了。
另外，有学者认为李秀成很可能效仿“姜维说钟会”一事，试图策反曾国藩，劝他自立称帝，恢复汉家江山。这些都是曾国藩不可告人的秘密，自然不能公布于众。
关于事情的真伪，太平天国史专家罗尔纲考证：
曾国藩的曾外孙女俞大缜教授叙述，1946年秋，她去探望母亲，路过南京，听到母亲在家和人聊天，正好聊到这方面，后来她母亲对她说，李秀成劝文正公当皇帝，文正公不敢。
俞大缜教授说：自己母亲是虔诚的基督徒，是决不会说谎话的。
她说，李秀成功是真的，他是想学姜维的。这个供的原稿，由曾国藩传给曾纪泽，曾纪泽传给他的过房儿子曾广铨。曾广铨又传给儿子曾约农。
到了1962年7月，在台湾的曾国藩曾孙——曾约农将曾家珍藏已久的《李供》原件拿了出来。明显有未完待续的痕迹，只有33300余字，而据罗尔纲先生考证原稿应该有五六万字，很可能已经被曾国藩撕毁两万多字。
供状每页都有曾国藩的亲笔批语，删改字句及标点符号，均一一如原样原色，正反双面，共七十四页，题曰《李秀成亲供手迹》。
和官方《李供》相比较，学者们发现官方那份删除了大量不利于湘军、淮军的内容。除此之外，曾国藩还删改了洪秀全死因（上书中曾国藩指出洪秀全是畏罪服毒自杀）等内容。
除此外，曾国藩还删除了对太平天国有利的供词，英法殖民者曾向洪秀全提出，要与他平分中国，被拒。李秀成明确表示，自己要购买大量军械，坚决抵抗殖民者入侵。在对外上，相比清廷的丧权辱国，不想让天下知道太平天国做得还是不错的。
《李秀成亲供手迹》还洗清了李秀成奴颜卑膝“降清”的污蔑之词。此稿中自始至终没有任何地方表现出李秀成“乞活”背叛的方面。最多就是想让曾国藩放太平军余部归农为民，以此去救太平天国兄弟们的性命。
那么曾国藩为什么要把这两万多字撕毁呢？很可能就是李秀成狱中劝曾国藩称帝的一些事儿。
曾国藩最终没有接受李秀成的建议。
如果凌迟李秀成的话，不可能一天就死，李秀成会不会把这些话喊出来？
夜长梦多，这样的事一旦透漏出去，手握重兵的曾国藩就会成为慈禧重点审查的对象。无论曾国藩是否有称帝的想法，都一定会被清廷打压。之前曾国藩为了邀功曾夸大和扭曲事实欺骗清廷，因而担心清政府亲自审讯李秀成会泄露自己肮脏的一面，激怒清廷，自己会晚节不保，还会给自家带来灭门之灾，因而他决定尽快让李秀成“闭口”。
就在太平天国甲子十四年六月二十五日（清同治三年七月初六日，1864年8月7日），曾国藩派候补知府李鸿裔告知仍在书写的李秀成：准备立刻处死。
李秀成听后，毫无戚容，对于判决李秀成表示：
“死而足愿，欢乐归阴”。
就李鸿裔所说遁词“国法难逭，不能开脱”，做出一副无所谓的姿态说：“中堂（曾国藩）厚德，铭刻不忘；今世已误，来生愿图报。”傍晚，李秀成步赴刑场，谈笑自若从容就义，终年42岁。
李秀成被杀后，曾国藩将他尸体用棺木安葬，且遵清廷旨意，将他的头颅装在小木笼里，派人在江南当年李秀成活动的地区沿途传示。
总结：
李秀成最终没有受到凌迟酷刑，一方面是慈禧太后的旨意，一方面是曾国藩的心愿。
李秀成的忠心天下尽知，忠王名副其实。就洪秀全那样猜忌他，还扣押他的母亲、妻子在城中，他仍继续为太平天国尽心尽力，对洪秀全忠心耿耿，为保洪秀全的儿子洪天贵福让出良驹不顾自己的性命，就这样的忠诚之人也是清廷迫切需要的，对李秀成网开一面也是在做给天下人看。清廷之前凌迟了很多的太平军将士，那时的太平军士气正盛，为了杀一儆百以儆效尤，到了李秀成这里，太平天国基本被瓦解，没必要对李秀成凌迟处死杀鸡儆猴。
总之，无论是在曾国藩这还是在慈禧那，都不想把李秀成凌迟处死。