朱允炆大概率是交代在了南京。但是由于这个人过于传奇，所以留下了很多神秘的结局。
结局一：跑去做和尚了。
这是流传很广的故事，早年朱元璋就知道朱允炆可能守不住江山，所以提前给这位小老弟准备好了袈裟和禅杖。
等到朱棣的大军杀来的时候，朱允炆把头发一剃，穿上袈裟拿着禅杖就开溜了。此后朱允炆云游四方，最终在江苏吴县的普洛寺中落脚，从此不问世事，46岁去世。此外还有其他各种寺庙的传说，这里就不一一列举了。
结局二：跑海外去了。
这倒是挺新鲜，为啥会有这么个说法呢？主要是因为朱棣做皇帝以后，曾经让三保太监郑和多次下西洋。
按照民间说法，郑和下西洋表面上是为了传播明朝的文化，实际上就是为了寻找流亡海外的朱允炆。因为朱允炆一个外国人，在海外一下子就能被发现。
结局三：朱允炆自焚而死。
这似乎是正史给出的交代，因为朱棣入宫之前，朱允炆就已经把皇宫给点着了。结果朱棣来的时候发现了几具尸体，已经烧得面目不清。
按照史料记载，这几具尸体分别就是朱允炆、马皇后以及其他妃嫔。这种说法是得到官方认可的，可信度也算比较高。
结局四：躲起来准备复国。
这就有点儿说不过去了，但是既然有这样的说法，那肯定不是空穴来风。传说朱允炆就是跑出去了，随后找了个地方隐居起来。
他在暗处多次想要学习晋文公重耳，打算流浪个几十年再回来继承大位。可是后来他发现朱棣治国水平实在是比他强得多，所以就放弃了这一念头，选择终老山林。
以上这四个结局当中，我更倾向于第三种结局，朱允炆应该是交代在了南京，至于是怎么个死法，倒是可以分几种情况看看。
第一种情况：朱允炆被朱棣所杀。
这是有可能的，朱棣既然想要登基，就必须要清除这个障碍。但是公然杀掉朱允炆，势必会让人说他弑君杀侄，这一骂名他不想背。
这可咋整？所以朱棣杀掉朱允炆以后，再放出一系列假消息，要么说朱允炆做和尚去了，要么说朱允炆跑路了，要么说朱允炆把自己烧死了。
总之，朱棣能放心大胆地做皇帝，就说明朱允炆已经不能再出来阻止他了。朱棣杀掉朱允炆的概率很大。
第二种情况：朱允炆死在了乱军之中。
这也是很有可能的，当时燕王的军队跟着他打了这么多年，没有功劳也有苦劳。进了南京城以后，你觉得会对南京的老百姓秋毫无犯吗？
那是不可能的，至少也得给这帮人三四天的空窗期吧？烧杀抢掠了三四天以后，朱棣再大摇大摆地出现，表示要维持军队纪律。
而朱允炆逃跑的时候，不可能一分钱不带吧？尤其是金银珠宝和玉玺得带着防身。结果被乱兵发现了，人家为了钱财宰了他，似乎没毛病。
第三种情况：朱允炆死于大火之中。
这或许是朱允炆最好的结局了，因为朱允炆在朱棣入宫前，的确放了一把火，结果把皇宫给点着了。
等到朱棣杀进来以后，已经可以闻到烤肉香了。所以说朱允炆大概率是把自己和家眷一同葬送在了火海之中，而朱棣来的时候，已经晚了。
那么这三种情况中，朱棣最不想看到哪一种呢？
当然是第三种情况。第一种情况是朱棣完全可以自己把握住的，也就是说杀不杀朱允炆，那是朱棣说了算。怎么个杀法他也可以好好设计一下，反正别让自己背锅就行。
第二种情况，是朱棣最想看到的，因为这就跟他没啥关系了。朱允炆被乱军所杀的话，那么谁是凶手，这就说不明白了，反正朱棣不是凶手。到时候朱棣反而可以找结果替死鬼出来，假装为朱允炆报仇雪恨。
第三种情况为什么朱棣最不想看到呢？原因很简单，因为这是朱棣不可控的。朱允炆就是要用自己的自焚，向世人宣布，自己是被朱棣给逼死的。
这么一来朱棣死活都得背负着弑君杀侄的罪过，而自古以来弑君的君主又有几个有好下场的呢？这是朱棣最忌讳的。
过去没有夺取天下，那么朱棣可以随心所欲，不管什么名声好坏。可做了天下之主以后，朱棣就必须要考虑自己的名声了，总不能让后世皇帝都背负着一个有骂名的祖先吧？
所以一旦朱允炆被逼自焚而死，朱棣就彻底控制不住局面了，他可以用武力镇压住那些反对他的军队，但是无法用武器堵住那些想说话的人的嘴。
朱棣放大招给自己洗白！
我认为，正是因为朱棣意识到了这一点，所以在发现朱允炆自焚以后，立刻开始给自己洗白。具体来说他是这么做的：
第一步，证明皇宫里发现了几具烧焦的尸体，但是由于面目难以辨认，所以不太清楚朱允炆是不是在里面。
第二步，让人放出小道消息，说朱允炆隐居了，或者说朱允炆出家做和尚了。这样一来大家就会觉得朱棣好像真的没有逼死朱允炆。
第三步，让郑和下西洋的时候，故意随便打听一下朱允炆的下落。这下子可就坐实了朱允炆出逃的事情了。实际上这都是一个局。
第四步，将朱允炆的儿子囚禁起来，给人一种假象，似乎朱棣想要用朱允炆的儿子来要挟有可能会出山的朱允炆。
这四步棋走完，你觉得大家还会觉得朱允炆自焚了吗？当然不会了，各种传说、故事全都传开了，老百姓懂什么，以讹传讹罢了。
既然朱允炆被朱棣“救活”了，那么朱棣岂不就没有背负上弑君杀侄的罪名了吗？这才是朱棣最想得到的结果。当你怀疑朱允炆没死的时候，证明朱棣已经成功了。
参考资料：《明史》、《明实录》