万历皇帝确实三十年不上朝，但是他并非不理政。他其实一直在理政，只是不和大臣们直接见面而已。
万历皇帝不和大臣们见面的理政方式，为什么能够牢牢地把控朝廷，而不被群臣架空而失位呢？
（万历皇帝）
第一，万历皇帝有很高的威望。
万历皇帝在前十年的时间里，依靠张居正，励精图治。革除积弊，不但整顿了吏治，而且通过“一条鞭法”，促进了经济的发展。其作为，与正德、嘉靖两朝形成鲜明的对比，他作为一个贤明君王的形象，深入人心，让他具有崇高的威望。
除此以外，他还通过两次运动，把朝廷中的政治寡头消灭殆尽。第一轮他消灭了高拱和高仪。高拱、高仪及张居正是他爹明穆宗给他选的三个辅政大臣。他上台以后，利用外臣张居正以及内臣冯保（掌印太监），扳倒高拱、高仪两人。接着，他依靠张居正和冯保实现了经济复苏和政治清明。但张居正去世后，也就是在他当皇帝第十年的时候，他不但清算了张居正，对他实行抄家。同时还对冯保实行抄家，贬谪冯保。这样，他在这一年里，第二轮消灭了另外两个政治寡头。
通过这两轮的消灭，万历皇帝的威望到了空前绝后的地步，无人再敢与他争锋。
第二，万历皇帝有多种制衡群臣的手段。
这个手段，其实是从朱元璋开始就设置好的一种政治模式。这种政治模式确保了明朝后期，虽然皇帝多不成器，明朝江山依然屹立不倒。
（张居正像）
这种政治模式，就是朝廷内外，没有一个人做大。一是因为后宫都选自民间，外戚没有根基，无法专权。二是取消宰相职位，只设置内阁。而“内阁”一词，顾名思义，就是在皇帝家里，帮皇帝传话跑腿的意思。内阁根本就无法变成权臣。三是立铁牌不许宦官干政。朱元璋是立了铁牌子，不许宦官干政的。不过后来，王振把这块牌子给取了。但虽然取了，宦官依然受极大制约，无法走上外廷。走不到外廷，就无法干政。四是明朝设置“厂位制度”。可以说，这是朱元璋跟着武则天学的。设置了“厂位制度”，对百官进行着有效的监督。这样，皇帝不管呆在那里，对百官的情况都了如指掌，因此，即便不上朝，也无所谓。
（当然了，朱元璋这种政治模式，也有一个很大的坏处，就是朝廷朋党之争非常严厉。可以说，最终明朝打不赢农民起义军，打不赢清军，与明朝大臣们互相扯皮不团结，有很大的关系。）
第三，万历皇帝一直没有立太子。
万历皇帝不上朝，与他爷爷一样，都是因为立太子的问题，和群臣发生了很大的矛盾。但不管怎么说，因为没有立太子，这就让群臣们即便不满意皇帝，想要造反，也找不到主心骨。
这可以从正反两个方面举例来看。
（明朝内阁）
一是唐玄宗也是早年励精图治，晚年荒淫乱政，安史之乱爆发后，唐玄宗为什么丢了皇位，因为大家拥立太子李亨为帝。当大家有李亨这个皇帝以后，就不在乎唐玄宗了。二是康熙皇帝两废太子后，为什么直到去世，都没有再立太子？就是因为他一旦立了太子，就有大臣和太子勾结，谋取他的皇位。所以，康熙虽然晚年怠政，但依然牢牢控制着朝廷。
第四，万历皇帝不上朝，反而减少了和大臣们讨论的麻烦。
明朝的朝廷，大臣皇帝常常因为对事情有不同看法，争执不休。但是，当万历皇帝不上朝以后，大臣们就没办法和他讨论了，他只需要直接发布命令就可以了。同意，还是不同意，直接命令。大臣们对他的话有意见，但是见不到他本人，也没办法争执，只好执行。久而久之，大臣们就形成了听从他意见的惯性。
第五，万历皇帝牢牢把控着军队。
这是万历皇帝的根本。万历虽然不上朝，但是他还利用军队完成了“万历三大征”，可见其对军队的控制能力。正因为他牢牢把控着军队，因此，那些大臣们想要做大，完全是不可能的。
（参考资料：《明史》《明实录》）