明朝施行两京制，而且有两套几乎一模一样的朝廷机构，一套在北一套在南，虽然明朝南京的六部没有北京的六部那么繁忙，但却也并不是摆设，都有自己的职责。
南京是江南地区最重要的城市之一，历史上定都在此的政权颇多，朱元璋参加反元起义时，其帐下谋士冯国用就曾建议将来定都金陵。
金陵，也就是南京，乃是龙盘虎踞之地，千古帝王之都，而且两宋开始，江浙地区的经济冠绝天下，占据金陵就等于坐拥江浙的财富，这对于一个王朝的诞生、崛起与兴盛是非常重要的。
不过，由于历史上定都在南京的朝代往往都存在得比较仓促，而且对于明朝广袤的疆域来说，南京的地理位置有点偏南，不足以辐射稳定全国，所以朱元璋也并非没考虑过迁都，朱元璋想来想去，选定了北平、西安与洛阳三个地方做备选，但最终由于朱元璋还没来得及想好就突然驾崩，迁都的事情也就没有进行。
靖难之变后，朱棣最终决定将都城迁离南京，迁至北平，而他这么做也很简单：
一，朱棣夺位，抽走了北方大量的明朝精锐，使得大宁、东胜等诸卫内迁，防卫空虚，明朝北方的界限大幅后退，而朱棣以自身为鉴，不放心藩王与将军镇守，所以干脆迁都北平，由自己亲自镇守北方，形成所谓的天子守国门；二，北平毕竟是朱棣的“龙兴之地”，而南京的前朝势力非常强大，朱棣在南京总是觉得比较不自在，将都城迁到北平，对于朱棣巩固自身的皇位是有好处的，而朱棣也想借此给自己继位一个合理的理由，所谓“自昔帝王，或起布衣，平定天下，或外藩入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇”。
朱棣虽然将都城迁到了北平，并且将其改名北京，但依旧保留了南京的地位，只是将南京改为留都，而迁都的过程并非一蹴而就，期间还有很多事情需要处理，因此南京的六部等机构并没有裁撤，迁都完成以后，南京的诸司衙门实际权限大幅削减，但仍旧被保留。
永乐后期开始，所有南京诸司衙门的行文署名前面，都加上“南京”两个字，形成了独具明朝特色的南京六部。
按照规制，南京六部各部设尚书一人，左右侍郎各一人，不过南京的吏部没有员外郎，有时候南京的六部也不设左侍郎只有右侍郎，但除此以外，南京六部的机构架设，与北京的六部基本无二，相差无几。
而南京六部的主要职能，与北京六部也有很大区别：南京兵部：
执掌南京周围，南直隶诸州府49个卫所，这些卫所全部属于南京兵部的管辖指挥，会同南京守备勋臣还有镇守太监，一起负责南京的安全。
南京吏部：
负责南直隶地区的所有大小官吏的京察考功，北京的吏部不得干涉。
南京刑部：
掌握南直隶诸司、公侯伯府与京卫所的刑名。
南京工部：
基本职责与北京的工部基本相同，只不过南京工部只负责南京与南直隶还有周边诸省，并且南京工部也负责南方各省的部分征税，南京户部刷印盐引勘合的铜版，也是南京工部铸造。
南京礼部：
迁都之后，典礼之类的事务全都由北京礼部掌管，所以南京礼部是最悠闲的部门。
南京户部：
负责南直隶还有浙江、江西与湖广这四个地方的税粮征收，而这四个地方的税赋与粮食，占了明朝的大半。另外，南京户部还负责漕运与全国的盐引勘合事务，还有全国黄册收藏与管理，因此南京的户部还算相当权重的。
作为大明朝的留都，南京六部的重要性还是非常高的，比如满洲入关后，南京六部在紧急时刻迅速接管了当时的明朝半壁江山，只可惜当时南明诸王陷入内乱，迅速走向崩解，明朝在南京保留的一整套完整的国家机器，并没能挽救明朝的命运。
南京的参赞机务由南京兵部尚书兼任，北京六部中，以吏部尚书为首，而南京六部之中以兵部的实力最强，所以南京兵部尚书地位非同一般，执掌着南直隶的所有军队训练，关键时刻可以调动南直隶的大军驰援北方。
只不过，南京六部终究是留都的机构，在大多数时候，都受到北京六部的干涉牵制，南京户部收的税粮都要北交，南京吏部官吏选拔升迁要请示北六部，诸如此类。
虽然南京六部的设置与北京的六部几乎一模一样，但是绝大多数的事宜都随着明朝迁都，六部的职责大多都移动到了北京六部，南京六部名义上虽说是六部，但执掌的范围基本仅仅限于南直隶地区，而南直隶地区并没有布政使等诸司，主要的事务都由南京六部来管理。
通常，年轻的北京六部官吏被派到南京六部，就等于前途尽毁了，但是年老的北六部人员若是抵达南京担任职缺，那是非常好的，因为在南京六部担任职务，不仅没什么事情做，而且俸禄也不会少，是个养老的好地方。
