淮海战役爆发前，老蒋本意是让白崇禧出任国军总指挥的。但白崇禧和桂系大将李品仙、夏威等人商量后认为淮海战场形势险恶，还是不去为好，这样不仅可以趁机报复老蒋还给了刘峙一个人情。由于白崇禧拒不上任，老蒋被迫把刘峙推上了前台，并让杜聿明协助他指挥。淮海战役爆发后，不论刘峙还是杜聿明都指挥不动部队，邱清泉为此发牢骚说：如果老头子亲自坐镇指挥，谁敢不听？
杜聿明赶到徐州时，黄百韬已经被华野包围。杜聿明命令李弥的第13兵团和邱清泉的第2兵团向碾庄攻击前进，全力给黄百韬解围。但邱清泉恼怒黄百韬在豫东战役中抢走了本该属于自己的青天白日勋章和第7兵团司令官的职务，因此一直不肯出全力救援。黄百韬对此心知肚明，他一面下令各军“准备独立作战，以尽军人天职”，一面对机要秘书李世杰说“国军中谁肯自冒牺牲而解救别人之危？”
李世杰后来回忆说，这一刻黄百韬想到了孟良崮上的张灵甫。杜聿明见邱清泉不听命令，刻意保存实力，就把情况汇报给了老蒋。老蒋亲自给邱清泉去电：“党国存亡，在此一举，吾弟应发扬黄埔精神，为国家尽忠，为民族尽孝，不惜一切牺牲，将当面敌人击溃，以解黄兵团之围。”然而邱清泉依然不为所动，还发牢骚说：“老头子为什么自己不来？如果他坐镇徐州，谁敢不拼命？当然现在徐州是危险的，那也可以坐在飞机场指挥嘛！”
碾庄战役末期，顾祝同命令黄百韬主动向西突围，争取和邱清泉会合。黄百韬知道援军没希望了，对身边的25军军长陈士章说：“反正是个完，突围做什么？送狼狈样子给邱清泉看着快意吗？不如在此地一个换一个地打下去，最后不过一死，也对得起党国和总统，叫黄埔同学看看，也好鼓励他们以后不要再勾心斗角地只图私利。万一党国转危为安，也是我们的贡献。”最终黄百韬没能等来邱清泉和李弥的援军，绝望之下举枪自尽。
黄百韬兵团覆灭后，黄维兵团又被中野包围。杜聿明见大势已去，就向老蒋建议放弃徐州，将部队撤往蚌埠一带，老蒋同意了这个建议。然而当杜聿明集团走到孟集的时候，第二兵团所属的第45师被华野给包围了。邱清泉接到该师师长郭吉谦的求援电后立即命令部队停止前进，并派72军回头救援45师。
杜聿明认为邱清泉此举不妥，45师本就是第二兵团的殿后部队，负责掩护兵团主力转移。现在到了丢卒保车的时候，因此他命令邱清泉舍弃45师，继续向南撤退。但邱清泉根本不听，坚持让72军回头救援45师，耽误了宝贵的撤退时机。邱清泉曾经是杜聿明的部属，但仗着老蒋的宠信，竟然在战场上不听调遣，杜聿明也拿他没有办法。对于军事才能低微的刘峙，邱清泉更是看不起了，自然更不会听他的指挥。
除了邱清泉之外，第13兵团司令官李弥也没有把杜聿明和刘峙放在眼里。杜聿明集团从徐州撤退后，李弥兵团担任了殿后任务。杜聿明命令李弥于12月1日撤退，但李弥为了保存实力，竟然下令部队在11月30日提前撤离。结果这个本该负责殿后任务的兵团竟然一下子跑到了其他几个兵团的前面，成了逃跑的先锋。为了避免杜聿明找到自己，李弥还主动切断了和杜聿明的所有联系。
李弥这个黄埔四期生都敢不听杜聿明的命令，其他人就可想而知了。白崇禧之所以不愿意出任淮海战役国军总指挥，除了当时国军的整体态势不利之外，一个很大的原因就在于担心指挥不动黄埔系的骄兵悍将。杜聿明虽然有能力，但无奈邱清泉和李弥等人不听指挥，许多战术设想也就无法实施了。淮海战役国军虽然以80万对60万，但主要将领不听指挥，各打各的算盘，毫无凝聚力可言，失败也就在所难免了。