被东魏军队击败之后，侯景带着残兵败将逃往南梁的寿阳（今天的安徽寿县一带），萧衍收留了他。
但是侯景很快反客为主，利用自己的残余人马控制了寿阳，然后在当地招兵买马，大肆发展自己的势力。
在此期间，侯景又蒙骗了萧衍好几次，得到了很多好处。
他说自己的士兵没有足够的军服，请求朝廷给一万匹布;又说武器不好，请朝廷派能工巧匠重新打造。萧衍全部答应。按理说萧衍也是个精明人，为什么会被侯景耍得团团转呢?可能是他觉得侯景没多少兵，对自己构成不了威胁。他低估了侯景的破坏力。不久之后，情况就发生了变化。
这次东魏和南梁交战，主要是因侯景而起，东魏正和西魏处于敌对状态中，高澄不想又多一个敌人。所以在战争结束之后不久，高澄就派使者来到南梁，表示东魏愿意与南梁恢复和平。
萧衍也希望减轻边境的压力，于是他也开始派人与东魏接触。但是侯景并不希望双方缓和。
侯景的叛乱给东魏造成了很大损失，高澄一直想严惩他。如果萧衍和高澄讲和，侯景很可能被萧衍出卖，因此他极力反对和谈。
萧衍根本没理他。
这激怒了侯景，他决定再次起兵造反，开始暗中准备。
其实在大乱出现之前，南梁本有机会阻止这场动乱的发生。
南梁的司州刺史羊鸦仁得知侯景在寿阳有异动，多次向朝廷报告。但是大臣朱异认为侯景不敢造反，把这些报告全部扣了下来，因此萧衍对侯景的异动一无所知。
侯景做了充分的准备，为了确保胜利，他还找了一个内应∶萧正德。萧正德是萧衍的侄子，他为什么要帮侯景这个外人呢?他是为了圆自己的皇帝梦。
萧衍在早年间没有儿子，就把萧正德当成了养子，萧正德原本指望自己可以当上太子，继而成为大梁皇帝。但是计划不如变化，后来萧衍有了好几个亲生儿子，太子之位自然就轮不到萧正德这个养子了。
萧正德因此对萧衍很不满。
侯景听说这事之后，就派人给萧正德送了一封信，表示愿意运用自己的力量帮萧正德当上皇帝。
萧正德非常高兴，立即答应做侯景的内应。这真是利令智昏，侯景不过是利用他而已。
公元548年，侯景在寿阳起兵作乱，就是著名的"侯景之乱"。侯景的动作很快，他迅速攻下了马头等地，抓住了当地官员。这下子萧衍终于认清侯景的真面目，紧急调动各路军队去平叛。侯景没有在原地等官军过来，他主动出击，以攻代守。
侯景所在的寿阳离合肥不远，他故意放出假消息，说要进攻合肥。在梁军难以判断侯景动向的时候，他带兵向东南方向突进，迅速打到了历阳（今天的安徽和县一带）。
历阳和南梁都城建康只有一江之隔，萧衍感觉到了危险，派兵守在了长江边。
侯景虽然来到了江边，但是在南梁沿江布防的情况下，他想过江还是比较困难的。
这时他的内应萧正德出马了。
萧正德利用职权调出很多船，说要运送芦苇。
萧正德是萧衍的养子，梁军自然没有多问。萧正德把侯景部队分批藏在船中，堂而皇之地过了江。
过江之后，侯景马上带兵杀向建康，萧正德也带兵加入了叛军，叛军的势力越来越大。
萧衍慌了神，急忙派兵阻挡，但是他的人马久疏战阵，大多一触即溃，叛军逐渐逼近了宫城。
关键时刻，大臣羊侃表现出众。
他散布消息，说援军快到了，以此稳住军心。
这时叛军使用了火攻，打算用火烧毁东掖门，趁势冲进来。
羊侃立即让人取水灭火，同时指挥弓箭手向叛军放箭，打退了敌人的进攻。
火攻失败之后，叛军改用了攻城车。
叛军使用一种被称为"木驴"的木制攻城车，向城门发起冲击，守军的弓箭无法击退敌人。
羊侃见招拆招，他让人制作了很多易燃物，然后扔向木驴，木驴很快被烧成一片灰烬。
叛军接着用了第三招∶堆土战术。
叛军在城外堆起很高的土山，打算沿着土山冲进城里。
羊侃不慌不忙，让人在城内挖地道，从地下接近城外的土山，把土山下面的土挖空，土山很快倒塌，叛军再次失败。
几次进攻下来，叛军没有任何进展，无奈之下，他们只好在城外建起长围，把宫城封锁起来。
这时大臣朱异却出了个馊主意，他建议守军出城攻打叛军。
羊侃表示反对，他认为派出少量人马无济于事，如果派出大量人马的话，万一战败撤退，大队人马很可能堵在城门的小桥上，到时得不偿失。
萧衍不听，下令军队出城攻击。
他的士兵斗志不高，一遇到敌人就开始逃跑，果然像羊侃预料的那样，一大帮人抢着过小桥，结果很多人被挤到水里淹死了。
虽然损失了部分人马，但是在羊侃的指挥之下，官军依然坚守着宫城，把叛军挡在了外面。
叛军招数全部被羊侃破解，他们决定针对羊侃想办法，于是拉出来了一个俘虏—-羊就。
羊就是羊侃的大儿子，在叛军攻入建康时不幸被抓，叛军把他押到城边给羊侃看，意思就是∶再不投降，就把你儿子砍了!
叛军的做法很卑鄙，羊侃内心备受煎熬，但他依旧选择以国家为重。羊侃站在城楼上，看着在城下被叛军绑住的羊就，一字一句地说道∶"我以身许国，不能因你而投降。"
说完之后，羊侃拿来弓箭，对羊就做出射击动作。
叛军吓了一跳，他们没想到羊侃这么忠义，只好把羊就押了回去。不久以后，第一波支援萧衍的军队赶到了建康。
南梁邵陵王萧纶、超武将军萧骏、谯州刺史赵伯超等人带兵从京口（今天的江苏镇江一带）启程，很快抵达了建康（今天的江苏南京一带）。
侯景赶紧派出一万人马去拦截，结果被援军击溃。
于是侯景亲自出马，带兵和援军对峙于覆舟山，双方僵持了一整天，谁也没有先出手。
等到太阳快下山的时候，侯景主动后撤。
萧骏不想就这么放他走，带兵追击，结果被叛军打败。
梁军虽然来了不少人，却不够团结，看到萧骏有难，一旁的赵伯超不仅不去帮忙，反而带着自己的部队逃跑了。
这导致援军大乱，侯景趁机带兵猛攻，梁军一败涂地，萧纶本人逃回京口，部队的物资全部落到了叛军手里，第一波援军失败了。
不久之后，第二波援军赶到。这次来的是南梁柳仲礼、韦粲等。
侯景之乱爆发的时候，韦粲正在庐陵，听说侯景造反，他立即带兵前去支援建康。
走到半路，韦粲收到一个坏消息∶侯景已经过了长江。韦粲于是去找内史刘孝义，问他该怎么办。
刘孝义漫不经心地说∶"如果侯景真的打过了长江，皇上肯定有诏书通知我们，不用相信流言。"
言下之意，没人通知我们，我们就装作不知道。
听他说出这种话，韦粲气愤地说∶"叛军过江后可以直接攻击都城，封锁交通，朝廷怎么传诏书过来?难道我们就心安理得地在这儿坐着?"
说完之后，韦粲丢下不负责任的刘孝义，自己带兵前进。
不久之后，司州刺史柳仲礼、裴之高、韦粲等人的部队先后赶到建康附近，梁军聚集了不少人。
兵力是多了，但是出现了一个新问题∶听谁指挥呢?
各地方官带来了自己的人马，现在既然要一起对付叛军，就需要选出一个人做统帅。
柳仲礼长期镇守边疆，他手下的部队战斗力强劲，韦粲提议由柳仲礼出任统帅。
但是裴之高觉得柳仲礼年龄比自己小，不愿意听他指挥，大家争执了很长时间，也无法达成一致。
梁军如果不能团结起来，那就是一盘散沙，难以取胜。
韦粲看到这种局面很着急，主动找裴之高沟通，裴之高最终同意支持柳仲礼。
总算把统帅确定了下来，梁军开始向敌人逼近。
韦粲率先带兵前往清堂，打算抢占一个阵地。为了不让敌人发现，他们特意在晚上出发，打算在天亮之前建好一个营垒，稳扎稳打。
可惜天公不作美，当天晚上突降浓雾，韦粲的人马在浓雾中分不清方向，花了很长时间才赶到清堂。
没过多长时间，天就亮了，由于时间仓促，韦粲部队没有建好牢固的营垒。
这个弱点很快被侯景发现，他马上带兵打了过来。
由于营垒没有建好，韦粲没有选择防守，而是派下属郑逸带兵出击，同时派下属刘淑莹带人攻击叛军后方。
但是刘淑莹胆小怕死，按兵不动，郑逸得不到支援，很快战败，韦粲也被叛军杀死。
消息传来，柳仲礼马上带兵冲了过去，杀死了几百个敌人。不过柳仲礼本人也被砍伤双方都有损失，继续隔着秦淮河对峙。
随着时间的推移，赶来支援萧衍的部队陆续抵达，梁军兵力越来越多，形势一片大好。
但作为统帅的柳仲礼却不敢再次带兵进击，梁军只是围着叛军建起了很多的营垒，包围了叛军。
于是建康就出现了围中围∶叛军把萧衍包围在宫城里，援军又在外面包围了叛军。
叛军的日子也不好过，在长期的封锁之下，都城一带开始出现瘟疫，很多叛军士兵得病而死，而且叛军的粮食快吃完了。
侯景有点怕了，使出了缓兵之计∶和谈。侯景派使者前往梁军那里，开出下列条件∶第一，给自己一些地盘;
第二，让萧大器陪同自己的军队离开建康。侯景表示只要满足这些条件，他马上带兵离开。
萧大器是太子萧纲的嫡长子，侯景想让他送自己出去，防止梁军中途变卦。
考虑到萧大器是重要人物，梁军不同意让他去，提议把陪同人员换成皇族成员萧大款，侯景答应了，事态有所缓和。
不过梁军忘了一点∶侯景这人不讲信用。
侯景之所以和梁军和谈，主要是因为己方粮食不足，难以坚持太长时间。
但是在和梁军打交道的过程中，侯景发现梁军并不团结，迟迟没有渡过秦淮河来攻击自己。侯景胆子又大了起来，他没有遵守和谈的承诺，继续带兵猛攻宫城。
关键时刻，在宫城里主持防务的羊侃突然病死，守军士气大受打击。由于被叛军长期围困，宫城内也出现了瘟疫，很多人病死，守军已经到了极限。
在叛军的持续攻击之下，宫城终于被攻破，萧衍落入了叛军手中，局势大变。
侯景派人把萧衍和太子萧纲监视了起来，然后伪造了一份诏令，把外面的援军全部遣散了。
萧衍很有骨气，虽然身处险境，但在很多事情上并不配合侯景。侯景一怒之下断掉了萧衍的食物供给，饿死了萧衍，然后立太子萧纲为皇帝，让萧纲做自己的傀儡。