大约4600多年前，炎帝王朝衰败，从中分裂出黄帝部与蚩尤部，三个集团彼此攻伐，形成了上古版的三国鼎立。其中，炎帝集团实力最差，先后都被黄帝与蚩尤击败过，但黄帝最为精明，击败炎帝之后又与其结盟，以炎黄联盟最终击败蚩尤。
根据史书记载，黄帝与蚩尤是两个不同的部落，黄帝部文明仁义蚩尤部野蛮凶残，其中蚩尤部或是苗人或是东夷，现代考古浙江良渚文明时也有认为蚩尤是良渚人后代。总之，在我们的历史体系中，蚩尤与黄帝必然不会是同一部族，或者说是上古华夏民族中的不同分支。
然而，随着地下文物的不断挺身而出，在填补了不少历史空白之余，也在很多方面颠覆了传统认知。本世纪初，清华简横空出世，其中不少内容就刷新了我们的认知，包括黄帝与蚩尤的关系。
2008年，清华大学接收了一批战国竹简，总数近2500枚，以经、史类典籍为多，对了解先秦思想文化、历史传说等具有重要价值，这批战国竹简被称之为“清华简”。经过多年整理研究，如今清华简已经完成了三分之二，为研究先秦历史做出了重大贡献。
《清华简·五纪》约存4450字，现存126支竹简，学者推测其完整时大概有五千言、130支竹简，与《老子》一书文字大抵相当，是目前所见篇幅最大的出土战国竹书。这部竹书与鲧禹治水有关，重点讲述的是如何统治万民的“天地之大法”，与《尚书·洪范》一文颇为类似，但其中很多内容具有一定的颠覆性，比如关于“黄帝战蚩尤”的事迹，《五纪》一文说到：“黄帝有子曰蚩尤，蚩尤既长成人，乃作为五兵。”
毋庸置疑，黄帝与蚩尤是父子关系，无疑出乎我们意料，但在文献中这种说法也曾出现过一次。在《史记·建元以来侯者年表》中，丞相田千秋曾对汉武帝上书说：“子弄父兵，罪当笞。父子之怒，自古有之。蚩尤畔父，黄帝涉江。”当时，戾太子刘据造反而死后，守墓小官田千秋上书为刘据伸冤时说了这一番话，就是以黄帝与蚩尤“父子之怒”作类比，显示出汉朝时流传黄帝是蚩尤之父的说法。与《五纪》结合起来可见，战国到汉朝时流传过这一说法。
我们都知道，古史中虽然没有说黄帝与蚩尤究竟是什么关系，但字里行间的意思不难理解，他们就是两个竞争的部落，黄帝与蚩尤年纪大概差不多，属于生死大敌，没有什么直接的血缘关系，古今史学家也没人一本正经地认为黄帝是蚩尤之父。既然如此，为何还会流传这一说法呢？
根据《五帝本纪》记载，黄帝开启五帝时代，之后的颛顼、帝喾、帝尧、帝舜、大禹、商汤、姬昌、刘邦等都是黄帝后代，与黄帝有着密切的血缘关系，其中颛顼是黄帝之孙，帝喾是曾孙，帝尧是帝喾之子，帝舜是黄帝八世孙，大禹是玄孙，黄帝之后的所有我们熟知的历史名人似乎都是他的血缘后裔。不说秦汉之后的历史了，就说秦汉之前的王朝都是黄帝后代建立的，一共历经2500余年，但这可能吗？上古时代，一场天灾可能就会让一个强大的部族衰败，其他部落会取而代之，而考古也发现中国是一个“多元一体”的文明，因此黄帝及其家族不可能在2500年时间内一直垄断政权。
既然如此，为何史书上还这么说呢？先来看一看周人始祖记载，《史记》中说帝喾与元妃姜源生子周朝始祖后稷，与次妃简狄生子商朝始祖商契。当然在商朝时的话，周人肯定不敢将简狄贬低为帝喾的次妃，姜源与简狄的身份地位必然是随着商周历史转变而转变。问题在于帝喾真的是商周共祖，商契与后稷是兄弟俩吗？显然不太可能，史书说周人是夏人盟友，商汤灭夏后周人远遁西北，如果商周真有血缘共祖，那么商朝建立后岂能没有周人一席之地？因此，帝喾是商周共祖之说，不是血缘上的共祖，而是文化上的或政治上的共祖，商朝时奉帝喾为始祖，其他诸侯也会奉帝喾为祖，以表示臣服。
由此可见，所谓颛顼、帝喾、帝尧、帝舜等黄帝后代之说，应该不是真的血缘后代，而是政治上的后代，预示着黄帝曾经强大过，很多诸侯奉他为祖，就这么一代又一代传承了下去，导致黄帝是所有人的血缘始祖一般。由于传说蚩尤与黄帝处于同时代，战国学者在描述这一段历史时，极有可能将蚩尤也纳入黄帝家族体系，变成了黄帝之子。同时，在春秋战国时期，“君父”的概念出现，而黄帝代表正统君王，蚩尤作为挑战者被视为臣子，于是黄帝是蚩尤之父实质是指“君父”关系。
不过，关于黄帝起源，还有一种颠覆认知的说法，即“周人在三次构建古史系统时，逐步将祖先的时代提前，最终以黄帝为祖”。也就是说，黄帝是周人的祖先，周人慢慢将他置于颛顼等人之上，实际上黄帝真正存在的时间未必超过颛顼。
以帝喾为例，学者张开焱在《夔、嚳、夋、舜的演变关系再检讨则》中指出：“关于帝喾的称谓，在甲骨文中从未见过，许多学者认为乃是周人夺取统治权后，为了在意识形态领域确立统治地位，而从帝俊转换出来的一个神帝，应该是可以确认的。”也就是说，为了夺取话语权，消除商朝的影响力，周人创造出来一个新祖——帝喾，还将周后稷定位为“帝喾元妃之子”，将商契贬低为“帝喾次妃之子”，帝喾在周朝之后才被逐渐纳入上古神话体系中。
东晋郭璞注释山海经中的“有中容之国，帝俊生中容”时说：“俊亦舜字，假借音也。”闻一多在《天问疏证》中解释“帝降夷羿，革孽夏民”时说：“帝即帝俊，一曰帝喾，又曰帝舜，即东夷人之天帝也。”可见，帝舜、帝俊、帝喾三者是同一人，都是商族始祖，但在五帝体系中帝喾变成了黄帝曾孙，存在时间却远早于黄帝八世孙帝舜。
黄帝与帝喾的情况有些类似，他出现在文献中的时间，大约是在战国时期，起初只是与伏羲、共工、神农、少皞等古帝王并举，战国至汉初的“先秦文献”中，黄帝逐渐广泛被提及，到了司马迁写《史记》时，黄帝已成为夏、商、周三代的共祖了。说到底，黄帝极有可能是根据周人的相关传说构建出来的，然后逐渐成为民族共祖。
著名历史学家沈长云在《石峁古城是黄帝部族居邑》一文中指出：“黄帝在历史上活动的时间不算太早，他与其他几位古帝实际上都应是同时代的人物，就是说都大致生活在夏代稍前的时候。过去史书把他置于其他几位古帝之前，实是出于后人的安排。因为黄帝的后裔周人建立了强大的周王朝，以后的华夏族又是以周族为主融合其它各族形成的，为华夏族编排的祖先的历史自应把黄帝放在首位。”
战国时期，黄帝“突然出现”之后，关于黄帝的历史神话体系还比较少，于是众人在逐渐将之丰满的过程中，或许出于强调君权、父权的需要，当时文人构建出了“黄帝是蚩尤之父”的传说，只是这种传说过于离奇，所以流传度不高，司马迁也没有采用。
所谓“历史是任人打扮的小姑娘”，黄帝与蚩尤历史即是如此。作为中华民族的印记，炎黄地位不容动摇，但作为历史研究，黄帝的历史记载却很难让人相信。
参考资料：《史记》、清华简等