八旗制度由清太祖努尔哈赤所创立，是清朝的根本制度。八旗共分为：正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗，各旗之间相互独立。凡是八旗旗下成员，均称为旗人，他们有各自的旗籍，就和我们今天每个人都有自己的户口是一回事。
八旗的最高长官是各旗的旗主。在清朝初期，这些旗主的权力非常大，地位仅次于皇帝。事实上，当时的皇帝本人也是旗主，只是最大的旗主而已。满清早期的军国大事都需要皇帝和八旗旗主共同商议，共同裁决。皇帝本人并没有乾纲独断的特权。
八旗下属的基本组织单位叫牛录（汉语译为“佐领”），每个牛录有三百人。牛录越多的旗，实力就越强，旗主地位自然越高。比如最强的正黄旗拥有四十五个牛录，最弱的镶白旗只有十五个牛录。
八旗旗主在不同时期有所变化，第一代旗主是：正黄旗、镶黄旗旗主努尔哈赤；正红旗、镶红旗旗主代善（努尔哈赤次子）和他的两个儿子岳托、硕托；正白旗旗主皇太极（努尔哈赤第八子）；镶白旗旗主杜度（努尔哈赤之孙）；正蓝旗旗主莽古尔泰（努尔哈赤第五子）；镶蓝旗旗主阿敏（努尔哈赤侄子）。
努尔哈赤晚年的时候，将自己的两黄旗分别赐给十二子阿济格、十五子多铎，并准备另赐一旗给十四子多尔衮。这三人都是由大妃（地位相当于皇后）阿巴亥所生，所以许多史学家认为这是努尔哈赤打算将汗王（当时还没称帝）之位传给三兄弟中某一人的明显信号。
不过，努尔哈赤去世后，正白旗旗主皇太极在其他几位旗主的拥护下，夺取了汗王之位，并逼迫大妃阿巴亥殉葬。当时多尔衮三兄弟年龄都还很小，根本无法和皇太极他们相抗衡。所以从这里就可以看出，当时满清的国本大事，还是凭各旗旗主的实力说话，无论努尔哈赤临终前是否留下了遗诏，都无法改变最后的结果。
皇太极即位后，对八旗做出了一些调整。他将两黄旗和正蓝旗都控制到自己手中，从而加强了皇权。但此时各旗旗主的权力依然非常大，甚至到了可以为所欲为的程度。比如镶白旗旗主多铎（原镶黄旗旗主）看上了旗下大臣范文程年轻貌美的妻子，于是便找机会将范文程之妻强行占有了。当时范文程在满清中地位很高，是所有汉臣中首屈一指的人物。但即便如此，范文程在得知妻子被旗主多铎强占后，还是不敢吭声。最后是消息传到了皇太极那里，皇太极早就想整治多铎，一直苦于没有借口，这次终于有了把柄。于是，他以多铎侮辱朝廷重臣之妻为名，罚银万两，并夺走镶白旗所属牛录三分之一。
崇德八年（明崇祯十六年，1643年）八月初九日，皇太极突然猝死。这时，八旗旗主再一次在满清的政治舞台上发挥了巨大作用。
当时，皇太极的长子豪格和正白旗旗主多尔衮都想争夺皇位，双方一度闹到了剑拔弩张的程度。最后在镶蓝旗主济尔哈朗的建议和其他旗主的附议下，一个原本几乎不可能和皇位沾边的人被拥立为帝，那就是皇太极的第九子，年仅六岁的爱新觉罗·福临，也就是后来的清朝顺治皇帝。
此后很长一段时间，八旗旗主依然在清朝的政治舞台上起着举足轻重的作用。但由于旗主的权力经常和皇权产生冲突，所以清朝初期的几位皇帝一直都在通过各种手段削弱旗主的权力。经过几代皇帝的努力，终于把原本属于各旗旗主的权力全部集中到了皇帝一人的手中。到了乾隆朝之后，旗主的身份基本上只是个象征性的荣誉称号，没有什么实际的权力，所以清朝中后期也就没有明确的旗主说法了。