元朝大都被朱元璋占领之后，元顺帝回到了蒙古草原。不过元顺帝去世没多久后，蒙古各部落开始分裂。其中瓦剌实力非常强大，经常攻打明朝，甚至还俘虏了明朝皇帝明英宗。不过在明朝和蒙古其他部落的打击下，瓦剌实力逐渐下降。之后瓦剌部落向西迁徙，而且不断的分裂，后来分成准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四部，也称为漠西卫拉特，也叫漠西蒙古。而和清朝对抗的准噶尔汗国就是准噶尔部建立的。
当时的漠西蒙古，管辖的范围非常大，北至额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游地区，南至天山，东到阿尔泰山和蒙古杭爱山分界线，西包巴尔喀什湖地区。不过后来由于满族人崛起，不断攻打蒙古部落，土尔扈特部就不断向西迁移。剩下的三个部落，准噶尔实力最为强大。而康熙年间的准噶尔叛乱就是在这时发生的。
其实漠西蒙古最初和清朝没有关系，不过在1636年的时候却有了关系。1636年和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗遣使表示归顺后金，因为他是盟主，所以他归附清朝也代表卫拉特归附清朝，而后来噶尔丹对抗清朝是一种反叛了。当然，在清朝入主中原之后，暂时没有精力来管辖漠西蒙古，所以准噶尔部落实力不断增强。最后在1676年噶尔丹打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗，把松散的联盟步步改变为垄断权力的汗国。可以说准噶尔在这时候就正式建国了。
当然，准噶尔建国之后，并不是说只有一个敌人。因为准噶尔西面还有强大的哈萨克汗国，北面还有沙俄汗国，东面才是清朝。，此时的准噶尔汗国为何不攻打其他地方，反而只攻打清朝呢？我们看一下当时的状况。
首先我们看一下准噶尔汗国对当时周边国家的处理。对于哈萨克汗国，准噶尔汗国是一直攻打这个国家的，由于这个国家实力弱小，所以很早就对准噶尔进行臣服了。不过以准噶尔的实力远不能灭了哈萨克汗国，所以最终的状况就是，哈萨克汗国臣服于准噶尔汗国，两国和平相处。当然，这也就断了准噶尔汗国继续向中亚扩张的道路。
其次是北方的沙俄。准噶尔汗国的实力远不如沙俄强大。而且沙俄当时还不断南下攻打准噶尔汗国。虽然多次被准噶尔汗国打败，但人家毕竟实力强大。所以准噶尔汗国也就无法向被扩张了。
编辑
这样看的话，准噶尔汗国只能是攻打清朝了。其实和准噶尔汗国相比，清朝实力也是非常强大。实力甚至比沙俄还强大。那么，准噶尔汗国为何还去招惹清朝呢？
第一个原因是，准噶尔汗国想要统一整个蒙古。准噶尔汗国虽然建国了，但还只是漠西蒙古的一支，不管怎么说他们都是蒙古人。所以他们肯定想要统一整个盟国。再加上当时藏传佛教的影响，导致整个准噶尔更是想要统一蒙古了。
当然，除了准噶尔汗国想要统一蒙古这个原因，他们还有一个重大原因，就是清朝刚统治蒙古，根基未稳，所以准噶尔想要趁乱打劫。虽然清朝当时统治了蒙古几十年，但在漠北蒙古势力还是非常弱小，所以准噶尔汗国才会有攻打清朝的打算。
不过，让准噶尔汗国没有想到的是，他们碰到了清朝最鼎盛的时期，也就是康乾盛世。不管他们怎么攻打清朝，由于实力悬殊太大，最终都失败了。在乾隆时期，乾隆彻底收复了新疆，从此之后准噶尔汗国退出了历史舞台。