1891年对国父孙中山先生来说是一个幸运的年份，这一年的十月份，他唯一的儿子孙科诞生，孙科也是孙中山的第一个孩子，同时也是孙中山唯一的儿子。之后孙中山先生又陆续生了几个孩子，不过全部都是千金。
因为是唯一的儿子，所以孙中山先生对孙科的管教甚为严格。孙中山先生常年干革命，相对来说对子女的管教较少，但是即使这样他也不忘督促孙科读书。孙科在孙中山先生的教导下形成了良好的读书习惯，他时刻以“读正义书养浩然正气”，孙科也成为了当时国民政府“行政院”为数不多的喜欢读书的人。
他在美国接受了系统的教育，成年后孙科回到国内，跟随孙中山先生一起干革命。他虽然是孙中山先生的儿子，但是却从来没有受过特殊对待，相反，孙中山先生更鼓励孙科从基层干起，一步一个脚印。
关于孙中山对孙科的严厉教诲还有一个流传甚广的故事。孙中山成立广州国民革命政府后于1921年任命孙科为广州市市长，当时国民革命政府的根据地就是广州，这个广州市市长的职位可以说位高权重。
1923年，孙科在市长任上因为筹集军饷不力被孙中山责骂，当时的孙科以为是国民党元老胡汉民从中挑拨他与孙中山先生的父子关系，因此就举起自己的手杖打了胡汉民。这件事被孙中山获悉，孙中山又惊又怒，认为自己教子无方，一把从卫士手中抢过了卫士的手枪，当场就要枪毙孙科。好在有人及时拦下了孙中山，避免了惨剧发生。从这件事我们也可以看出孙中山对孙科的教导是很严厉的。
1925年，孙中山去世。孙中山去世后，孙科与汪精卫在广州成立国民革命政府，对抗蒋介石的南京国民革命政府。不过广州政府很快就因为经费问题倒闭，之后孙科成为南京国民政府的“行政院长”，但是因为广州政府的问题，孙科与蒋介石一直面和心不和。
1949年，蒋介石下野时除了桂系军阀李宗仁的逼迫之外，还有另一个原因就是孙科的参与，当时孙科支持和平谈判，在国民党内部成为了与蒋介石、李宗仁三足鼎立的另一支力量，不过孙科的政治经验毕竟少，很快就被迫辞职。
孙科身上有个优点，这个优点是继承了他父亲孙中山的，那就是不蓄私财。这导致孙科没有任何积蓄，他在美国过着清贫的日子。1965年，在蒋介石的同意下，孙科前往台湾居住。
孙科到台湾后生活有所改观，这是因为蒋介石让孙科出任了台湾的“考试院院长”，孙科到台湾后主要从事教育事业，在担任“考试院院长”后继续担任了东吴大学的董事长。