朱元璋登基之后，阳谋阴谋双管齐下，大肆打压明教旧人。对于五行旗主，朱元璋利用反元大义之名，利用军事策略将其一一铲除；对于杨逍、韦一笑等人，朱元璋则施展暗杀、离间等手段，务求消灭这些隐患。幸得张无忌和赵敏及时识破朱元璋的阴谋，并与其达成协议，才保得杨逍等人的性命。
五行旗主之死
元朝末年，随着明教义军的壮大，逐渐对元朝廷形成了优势，朱元璋在军中的地位也水涨船高。杨逍等明教内的掌权者，眼见朱元璋一步步坐大，但却无可奈何。而朱元璋这边，并不想马上和明教撕开脸面，于是他答应立国之后，明教成为国教，君权、教权并行不悖。杨逍和范遥、韦一笑等人商量，都觉得这已经是能争取到的最好结果，便和朱元璋达成了协议。
1368年，朱元璋在应天府称帝，建立明朝。建国之后，朱元璋命令徐达、常遇春继续领兵北上，力争早日把蒙元赶回大漠。临行前，朱元璋单独召见徐达，说杨逍、韦一笑和吴劲草等五行旗掌旗使这些明教旧人，已渐渐与我等离心离德，为天下计，必须将其铲除。然而他们此时并未有危害大局的行为，因此需谨慎行事，不要落人口实。此外，常遇春虽然忠心耿耿，但为人太重义气，这事千万不可让他得知。
徐达得了朱元璋的密令，在北伐中，每战必使五行旗为先锋。锐金、巨木、洪水、烈火、厚土五旗，本是特种部队类的军事组织，应作为奇兵奔袭之用，如今每战冲锋在前，往往成为元军的箭靶，遭受最强烈的正面攻击，死伤惨重，巨木、洪水、烈火、厚土四位掌旗使先后在一年内战死，新任的旗主则由徐达指派，只知徐达与朝廷。
1369年三月，徐达开始攻略西北。朱元璋给他的旨意中说:张思道兄弟二人一贯狡诈无常，如果前来投降，应当要有周密的安排，千万谨慎，不要落入他们的圈套，上当中计。结果在庆阳一战中，张思道的弟弟张良臣果然降而复叛，偷袭明军大营，主将薛显逃出，指挥张焕、锐金旗掌旗使吴劲草被张良臣擒拿。
徐达听说后，说皇上高瞻远瞩，能在万里之外明察秋毫，张良臣不过是螳臂当车，必定自取灭亡，众将士与我齐心协力，歼灭此贼。明军士气高涨，以摧枯拉朽之势重夺庆阳，但吴劲草却早已被张良臣杀死。至此，张无忌在任时的五行旗掌旗使已全部牺牲，而五行旗要么伤亡殆尽，要么完全被朱元璋控制在手中。
殷野王与杨逍决裂
五行旗掌旗使在一年内全部死去，这一反常情形，终于引起了杨逍、范遥等人的重视，经过商议，他们认为，朱元璋已完全不可信任，下一步他们就会成为朱元璋的重点目标。正在杨逍他们商量如何应对时，殷野王带人杀上光明顶，当众指出杨逍年老德薄，不配坐教主之位。
原来，朱元璋的长子朱标，前一年已被立为皇太子。而朱标有一个老师，多年前曾受过殷野王的恩惠。这人给殷野王送来一个消息，说朱标已近及冠之年，朱元璋正在为他物色太子正妃、侧妃人选，殷野王若有此心，须及早谋划，为自己增加筹码。
其实，太子选妃何等慎重，人品、家世要求高之又高，怎么也不可能从江湖人中来选。殷野王不是傻子，但所谓当局者迷，认为自己并不比世家大户差多少，再加上那人言之凿凿，便动了心思。而那人所说的增加筹码，殷野王想了又想，认为夺了杨逍的教主之位，应该便已足够。
殷野王带人来到光明顶，逼杨逍退位。杨逍气极反笑，说就算自己不当教主，也轮不到殷野王。范遥、韦一笑也觉得殷野王此举太过荒唐，出言指责。结果双方大打出手，殷野王虽然人多，但毕竟不是杨逍等人的对手，最后还是杨逍顾念张无忌的旧情，将他们放了回去。经此一事，殷野王也彻底与杨逍等人决裂，带了忠于自己的部下脱离明教，重演了白眉鹰王出走一幕。
张无忌识破朱元璋离间之计
殷野王一伙人刚离开，有下属送来急报，说一个月前，被关押的汝阳王被人救出，逃往终南山一带。汝阳王是明教大敌，义军折在他手中之人，数以万计。杨逍说，我明教与汝阳王这老贼不共戴天，绝不允许他存活于世，如今之计，应先将与朱元璋的争斗放在一边，全力寻找汝阳王，以祭奠我明教十万英灵。众人纷纷称是。
三个月后的一日，杨逍、范遥、韦一笑终于在终南山发现汝阳王的踪迹。杨逍、韦一笑摩拳擦掌，准备一举除掉这个老贼，只有范遥面露异色。杨逍问他是否顾念赵敏当年旧情，范遥说，我心中曾有这种顾虑，但大义当前，私交不论，这个道理范遥是明白的。只是此时元人已是日薄西山，纵汝阳王复出，也是于事无补，为什么会有人救他呢？
看杨逍、韦一笑也陷入沉思，范遥又说，这三个月来，我一直在思考，如果我们杀死汝阳王，谁会是最大的得益者。我想来想去，直到刚才杨教主吟诵了两句诗，才让我豁然开朗，想到了问题的关键所在。杨逍道，我刚才见夕阳西落，炊烟袅袅，不禁想起了唐代大诗人王维的《辋川闲居赠裴秀才迪》中的两句:渡头余落日，墟里上孤烟。那裴秀才是个隐居终南的名士，隐士，范兄莫非说的是——
范遥接道，对，我想到的就是已经隐居十余年的张教主。张教主隐居之前，武功已经出神入化，如今怕是已是陆地神仙的境界了。我们大家都知道，张教主重情重义，如果我们这些人出了事，他一定会查个究竟，让凶手付出应有的代价。所以朱元璋要对付我们几个老家伙，便不敢明目张胆，这也是我们仍然还在世的原因。
杨逍道，朱元璋对张教主非常忌惮，所以才有了殷野王带人夺权，他想让我们自相残杀。而此前吴劲草等掌旗使，一一死在沙场之上，横竖让人挑不出毛病，恐怕也是为此。韦一笑叹道，想当年，张教主在光明顶力挫六大派，拯救我明教于危难之中。如今他隐居这么多年，我等还要依仗他的恩泽，才得以保全性命。
韦一笑话音刚落，便听到一阵爽朗的大笑。笑声起时还在四五里外，笑声落时，两个身影已来到了众人面前。两人一男一女，虽都是布衣，却自有一种风流蕴藉、潇洒仪态，正是张无忌和赵敏到了。张无忌向众人一拱手说，各位别来无恙，张无忌有礼了。
赵敏也向杨逍等人盈盈一礼，说你们不用找我父亲了，此时他也成了一名隐士，不再过问世事。当时大家各为其主，我赵敏也算弃暗投明，救了你们的张教主一命，如此功罪相抵，两清了如何？
杨逍惭道，我等已经知道，朱元璋故意放走汝阳王，又放出消息，是想让我们杀了汝阳王，与张教主反目，就算我们不自相残杀，日后也必定形同陌路，到时他杀起我们来便再无顾忌。如今我们既然知道了他的阴谋，自然不会再中他的圈套了。
张无忌道，朱元璋此人狼子野心，老奸巨猾，把我们耍得团团转。但我们也必须承认，在带兵打仗，完成反元大业方面，他比我们任何一人都做得更好。再者，朱元璋是穷苦人家出身，执掌天下之后，想必会善待百姓。杨教主，我明教的宗旨，就是让穷苦人过上安定的好日子。至于坐天下的是谁，又有什么关系呢？
见杨逍等人点头称是，张无忌面色一沉，又郑重说道，但朱元璋如果残害忠良，蹂躏百姓，我张无忌就算拼了这条性命，也要把他拉下马，换一个贤明的好皇帝！
约定
半个月后，御书房中。此时已是深夜，朱元璋仍在批阅奏折，忽然来了一阵微风，吹得烛影摇曳，映得朱元璋脸上明暗闪烁不定。朱元璋抬头一看，四个大内侍卫和一个随侍在旁的太监已软倒在地。朱元璋站起身，正想大喊，却在看清了屋内的人影之后，马上闭口不言。
来人正是张无忌，他微笑道，皇上夙兴夜寐，为天下百姓劳心劳力，此后明教之事，就不必再管了吧？朱元璋道，朕自无不可，只怕树欲静而风不止。张无忌道，皇上不必担心。如今天下已定，正合百姓休养生息。如果有人为了一己之私，再起风波，我张无忌自会出手。言毕飘然而去。
良久之后，朱元璋才重重坐在椅子上，额头上的冷汗已被风吹干，可是内衣却已经湿透了。他急忙召集徐达入宫，并屏退左右，把刚才的事情说了一遍。徐达道，皇上洪福齐天，看来张教主也并无恶意，此后皇权和明教各不相干，也算是一件好事。
朱元璋道，倘若天下百姓归心，区区明教也掀不起大的风浪。只是张无忌这些武林高手，视大内森严戒备如无物，一言不合，血溅五步。张无忌还好，若是遇到一个心狠手辣之辈，朕的性命怕已不保，因此，还是要收罗天下高手为我所用，朕才心安。徐达道，臣此次从大都回来，收集了一大批元廷收藏的书籍，其中倒有一些武学秘笈，可以交由信得过的侍卫来练，加强武备。还有，皇上身边若有信得过的太监，也有一本秘笈适合他们来练，而且威力非同小可，不在张无忌的九阳神功之下。
朱元璋一听，顿时来了兴趣，忙追问是什么秘笈，徐达答道:
葵花宝典！