萧鸾在位期间，北魏不断派兵来袭。作为辅佐萧鸾上位的有功之臣，萧衍自然获得了大量领兵打仗的机会。
建武二年（公元495年），北魏孝文帝率领三十万军队亲自南下进攻萧齐，沿淮河向东攻打钟离，同时派刘昶、王肃率军进攻义阳。面对来势汹汹的敌军，萧鸾这边也是调兵遣将。为解救义阳，派遣江州刺史王广之率兵前往救援，萧衍隶属王广之手下一同前往。但王广之在距义阳百里之外时，听说北魏军队人强马壮，就不敢再前进了。这时萧衍挺身而出请求充当先锋，王广之答应了，并分派精兵给到萧衍。
萧衍趁夜色带领军队抄小路赶到了距离北魏军只有几里地的贤首山，北魏这边因为不知道来了多少人也不敢靠近。到了天亮之时，义阳城中的齐军看到前来救援的萧衍军，顿时士气大振，马上集合军队出城攻击北魏军，萧衍这边也趁机夹攻北魏军，北魏军在齐军内外夹击下，溃不成军，只能撤退。萧衍因此战军功，又升了官担任太子中庶子。
北魏孝文帝对南齐的打击不可能因这种挫折而有所放弃，建武四年（公元497年）北魏孝文帝再次领兵南下，接连攻下了新野、南阳，前锋直逼雍州。萧鸾派崔慧景、萧衍等领兵增援雍州。到了第二年建武五年（公元498年）三月，崔慧景和萧衍率军到达邓城，北魏数万大军随即而至，这时候齐军内部将帅产生了分歧，萧衍主张出战，崔慧景觉得北魏军只是做做样子不会在夜间攻城，很快就会退兵，没有听萧衍的意见。但出乎崔慧景意料，北魏大军陆续追至城下并且没有撤退的迹象，原来还表现得很镇静的崔慧景立马就胆怯了，没有和手下商议，就私自逃走了。其他各部见统帅溜了，也纷纷逃散。萧衍这边也无计可施只能边战边退，吃了一场败仗。
面对打了败仗的萧衍，萧鸾没有过多责备，反而送了一个大礼包给萧衍，让萧衍出任雍州刺史主持雍州防务。萧鸾这个决定在后世看来妥妥是个败笔，南朝的雍州并不是传统意义上西北那个雍州，而是通过拆分荆州将荆州北设置为雍州，治所襄阳。东晋以来荆州的强悍是有目共睹的，拆分荆州设置雍州就是为了制衡荆州，且作为抵御北方的第一线，雍州的重要性毋庸置疑。这么一个重要地方萧鸾起初倒也没准备给萧衍，而是想让自己的小舅子刘暄镇守，奈何这家伙不愿外调，思来索去有能力且又放心的人选就只有萧衍了。对萧衍来说坐镇雍州无疑是个大礼包，本就实力不俗的萧衍在雍州也是如鱼得水。在这人事任命完成后没多久萧鸾就驾崩了，这无疑是萧衍进一步扩充势力的好机会。
雍州因为当时历史大环境民风彪悍，士兵的战斗力都是毋庸置疑的，有兵自然还得有将有谋臣，凭借自身的能力人格魅力以及相同的政治利益，萧衍身边很快云集了王茂、曹景宗、柳庆远、张弘策等文武人才，萧衍俨然已是地方实力派。而此时的萧齐朝堂在萧宝卷的胡闹下人心惶惶，对于这种局面，萧衍自然有了自己的小算盘，第一步就是借口雍州重地，为防御北魏准备着各种物资，实则进一步加强自身实力。
但萧衍也不傻，如果贸然行事结果只能和之前兵变被杀的陈显达等人结局一样。萧衍想拉拢自己的哥哥萧懿和自己一起图谋大事，派出自己的心腹张弘策前往游说萧懿，但萧懿和他兄弟不同，忠于齐室，自然不可能答应萧衍。对于萧衍关于萧懿自身安全的提醒，萧懿也没听从依旧前往建康，但结果显而易见，功劳甚大又能力强悍的萧懿早已是萧宝卷的眼中钉，他自然不可能逃过毒手。
当萧懿的死讯传到雍州，萧衍自然悲伤不已，但更多可能是高兴。一来终于有了合情合理的起兵借口，二来兄长萧懿可是此时萧齐为数不多且忠于朝廷的将领，在之前对付北魏和平定叛乱中的卓越表现可不是萧衍所能比拟的，他的死无疑为萧衍起事扫清了最后的障碍。萧衍终于可以将目标锁定在建康了。
