如果要说谁是晚清时期的第一大功臣，那非曾国藩莫属，这不仅是因为曾国藩率领湘军击败了太平天国，挽救了晚清王朝，更是因为曾国藩还是洋务运动的最早倡议者、实践者。虽然曾国藩一生中最高的职位也就直隶总督而已，甚至还不如之后的李鸿章和左宗棠等人。
但曾国藩比李鸿章和左宗棠他们早太多，在曾国藩辉煌的时期，李鸿章和左宗棠还在熬资历，赚功勋，依附在曾国藩的羽翼之下；李鸿章就不必多说了，直接就是曾国藩的门生，而左宗棠虽然没有直接成为曾国藩的部下，但也是出自湘军，而且还曾奉命协助曾国藩处理军务事宜，算是有交情了。
当然，曾国藩作为一个绝顶聪明的人，自然不可能就这么两个人脉，其实曾国藩在组建湘军时，就有意招揽各种优秀的人才，除了将才外，湘军中还拥有大批后来非常有名的工程师、科学家；而且整个湘军都算是曾国藩的嫡系，所以曾国藩对他的这帮部下也是不遗余力的提携和帮助。
据不完整统计，整个湘军系统中位至总督者15人，位至巡抚者14人，其他大小文武官员不胜数；这些人哪怕位置看起来和曾国藩差不多了，但实际上对曾国藩仍是忠心耿耿。拥有如此庞大的势力，而且还是手握地方军政大权的总督，关键是这些人绝大部分都还是汉人，这对清王朝统治者而言，可不是一件好事。
慈禧太后作为一个老谋深算的女人，自然知道继续这样下去，对他们必然是一场灾难，所以她要想办法解决这场对满清而言真正的最大危机；慈禧太后知道想要解决这场危机，就必须要除掉曾国藩，因为曾国藩是核心，在没有除掉曾国藩之前，慈禧太后甚至不敢随意撤换湘军体系的官员，因为牵一发而动全身。
曾国藩一生谨慎，纵然有什么问题，也是让慈禧太后抓不到把柄，但曾国藩却有个胆大包天的弟弟，名叫曾国荃，这曾国荃可以说是湘军中的“杀神”，他所率领的吉字营是湘军中的王牌部队，成员全是凶悍至极的亡命之徒，从军不求升官只为发财，所以曾国荃部每攻下一城，皆是大肆劫掠，而后焚城。
平日里这种事有曾国藩罩着，清朝统治者也没将这些卑贱百姓放在眼里，没有切实证据的情况下，也就由着湘军胡作非为去了。但让曾国藩没想到的是，他的弟弟曾国荃在攻入太平天国的都城天京后，竟然将太平天国搜刮多年的财富都劫掠走了，这可是捅了大篓子了，因为当时清政府正是缺钱的时候，就想着靠太平天国的那些财富缓解下危机。
结果这些财富都“消失”了，这让清政府难受无比；而这也给了慈禧太后机会，只要找到是湘军私吞了太平天国府库财富的证据，就可以名正言顺的除掉曾国藩了。于是慈禧太后以曾国藩功绩卓绝为名，提升为直隶总督，直隶总督比其他地方总督高出半级，称得上是总督之首；不过实质上，却是为了更利于控制住曾国藩。
因为当时湘军基本都盘踞在东南地区，如果提前逮捕曾国藩，可能会引起湘军兵变，那对清政府而言，就真的是一场灾难了。曾国藩也是十分清楚其中的厉害，故而迟迟不肯上任，几个月后，终究是拖不住了，只好在安排好诸项事宜后去了京师；而接替曾国藩的新任两江总督是慈禧太后的心腹马新贻。
这马新贻在中进士后担任知县，后一路升为安徽按察使、安徽布政使、浙江巡抚等，并成功成为慈禧太后的心腹；这马新贻还是非常有能力的，心思缜密，加上在安徽和浙江都当过官，所以慈禧太后觉得让马新贻来查天京府库失窃案是最为恰当的。这马新贻也是不负慈禧太后所托，还真就查出了些线索。
但就在马新贻准备进一步探查的时候，却被一个叫张汶祥的刺客给刺杀了；事后朝野大震，慈禧太后勃然大怒，下令严查此事，地方给出的答案相当敷衍，明显不能让慈禧太后满意，于是慈禧太后亲自派人去审理此事，结果仍是不了了之，甚至还有一位主审官在回京途中就告病还乡了，总之，很多事情很蹊跷就是了。
其实明眼人都知道，这和曾国藩是绝对脱不开关系的，但没有真凭实据，仅靠猜测是无法将曾国藩怎么样的。后来，也不知曾国藩和慈禧太后达成了什么样的协议，慈禧太后最终还是放曾国藩回了东南，继续担任两江总督，而曾国藩回来后就主动请求裁军，而这桩“刺马案”就这么不了了之了，数年后，曾国荃被朝廷启用，并最终官至礼部尚书、两江总督兼通商事务大臣。