“小诸葛”的名号早已不局限在广西一地了。当时的国军总司令蒋介石也十分欣赏白崇禧，就把他调到总部去当副总参谋长，三个月后又让白兼代了第二路军总指挥，可以说，那时蒋对白可谓是绝对的重用。
可白崇禧并不领情，他知道这些部队不属于桂系，他想带兵是真，但带的是新桂系的部队。于是他在1927年10月利用兼任淞沪卫戍司令之机，将几个补充团编为一个师，官兵自然是从第七军抽调来的。两个月后，白又从黄绍竑的十五军那里弄来几团人再编一个师，这两个师就合编为第十三军，由白自兼军长。直到这时，白崇禧才真正如愿以偿。
既已拥有一个军了，为什么不把新桂系的其他几个军的指挥权都抓过来呢？其实早在第七军扩编成七、十五两个军之前，白崇禧就用手中的权力大力扶持鄂籍的新桂系军官。胡宗铎的十九军以及陶钧的十八军，都是在白的大力支持下成立起来的。加上当时担任第七军军长的夏威又和白的关系十分密切。这样一来，新桂系当时的五个嫡系军，白一个人就掌握了四个。
好景不长，继新桂系在1927年将蒋介石赶下台之后，李、黄、白等人又因裁军及诸多原因，于1929年起兵反蒋了。只是这一次，新桂系输得倾家荡产。在蒋的金钱攻势下，原本抱有很大希望的武汉决战，没打就注定了失败的命运，白只得灰溜溜地跟着李、黄跑到香港避难去了。这件事从侧面暴露出了白不懂政治的缺陷，并使他确立了今后“重军少政”的立场。
1929年11月，白崇禧借广西局势混乱之机，随李宗仁重返广西，并出任护党救国军前敌总指挥一职，中原大战爆发后白又改任第一方面军总参谋长。虽然白所制订的作战计划在战事一开始就打得湘军节节败退，但是桂军并没能将湘军击垮。之后粤军入湘侧击桂军，这就使桂军更难打开局面了。
撤退，只能是唯一的选择。但是白崇禧在这个时候却一反常态地坚持集中兵力，要在衡阳与粤军决战。这一提案虽然得到了李宗仁的支持，但并不符合现实，甚至有不少白的拥护者也反对。即便如此，决战还是打了，结果，自然是败了，败得很惨。这就直接促使了黄绍竑的退出，但却使白崇禧上了位，成了二号人物。
白崇禧适时抓住了各路军阀不愿与桂军决战的想法，坚决主张抵抗，使新桂系避免了灭顶之灾，这使他个人的威望达到一个新的高度。两广合作后，李宗仁常驻广州，将桂军的指挥权下放给白，白就借这个机会排斥异己，并利用自己兼任广西军校校长的指挥大力培植亲信，使他在不到两年的时间内，把桂军整成了支“白家军”。
那么要不要取代李宗仁成为新桂系的最高领导人呢？白崇禧没有这么做，因为他心里明白，自己不擅长于政治，与其争着成为政治领袖，不如借着李的威望专心发展军队，由此开始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是，上世纪三十年代中国军人对战争的理解，大部分仍停留在一战时期的阵地战模式中，这使国军在抗战之初，不能适应新的战争模式，导致大量伤亡。白崇禧对于桂军的训练同样如此，导致桂军在投入到上海战场时接连发起无谓的密集冲锋，遭日军重创。桂军在淞沪会战中不仅损失了大量优秀军官（旅长三名，团长四名），也使其精锐尽丧，很长一段都没恢复元气。好在白崇禧经过这次教训改变了战争观，根据国军的实际情况提出了新的游击战术，并主张“积小胜为大胜”，在很大程度上改变了之后的作战模式。
抗战的爆发，使新桂系重新归属到蒋介石麾下，白崇禧也被调到中央效力，先后出任大本营副参谋总长和军训部部长等要职。八年抗战，白指挥过两次较大的作战，一次是代理第五战区司令长官，调动大别山地区的桂军积极出击，策应武汉守军。另一次是指挥桂南会战，昆仑关的大捷，白也起到不小的作用。但是这两次会战，都以失败告终，尤其是桂南会战的失利，白负有不可推卸的责任。战后，他受到了降级处分。有人说台儿庄大捷白崇禧也有出力，这或许确有其事，但需要指出的是，台儿庄战役只是徐州会战的一个组成部分，而徐州会战的结果，同样是失败了。
桂军参加抗战之后，白崇禧主张对怯战分子予以严惩，尤其是对一批作战不力或临阵脱逃的军、师、旅、团长或撤职或枪决，这在很大程度上为桂军的积极抗战树立了正面形象。然而到了抗战后期，白崇禧也显露出他私心的一面。比如在1944年的桂柳会战中，他将本应承担防守桂林的几个与他有亲信关系的师、团长调走，并抽出了精锐部队以保存元气，反调一个新兵师来承担守城任务，这在很大程度上打击了士气。抗战胜利之际，白崇禧甚至还违背蒋介石不让桂军进入南京受降的命令，暗中指示所属第七军一个师进城受降，给了蒋记中央一个难堪。
内战中的桂军，虽散布在华东、华中两个战场上，但鲜见硬仗，基本在打酱油。白崇禧有自己的算盘，他依然想保存实力。唯一的莱芜战役，还是因为部队主官的异动，而未战即败。桂军在基本没有受到较大损失的情况下，度过了三年，而白也在1948年由国防部长调任华中“剿匪”总司令。
现在有不少人说白崇禧在担任国防部长前夕曾前往东北指挥作战，并在四平大败林彪，白先勇《战后国共东北之争》一文中也指称由于蒋没有采信白崇禧乘胜追击的建议，片面下停战令，给了林彪喘息之机，方导致日后东北惨败。笔者认为，此二说有待商榷。
我们知道，白崇禧前往东北之前的实际指挥者是东北保安司令长官杜聿明，前线指挥由副司令长官郑洞国负责。根据史料记载，白崇禧是在5月17日奉命前往督战的。这里的“督战”是什么意思呢？从字面上理解就是亲临前线监督作战，那么作为督战官的白崇禧有权直接干涉指挥吗？笔者目前还无法给出结论，不过郑洞国《我的戎马生涯》一书对白在东北有相当长篇幅的记述（423页-424页）：
5月17日特派副参谋总长白崇禧将军到沈阳视察。白氏在当晚与杜聿明将军详细分析、研究了北满军事情势后，又于次日在杜将军陪同下亲临我设在开原的前进指挥所视察……白、杜二位将军都认为攻下四平街是不成问题的。但白将军对于我们下一步攻占长春、永吉的作战计划却有些忧心忡忡……莫若打下四平街后不再向长春北进，这样一则可以缓和国内外舆论的非难，二则可以获得整训部队的时间，假如与中共和谈失败再发动进攻不迟。杜将军则力争一举攻下长春、永吉……这时，我们闻报右翼兵团……并未遇到解放军的有力抵抗……这个消息使白将军非常高兴，他也预感到解放军可能不会固守长春，遂又拉着杜将军一同到红庙前方视察。据说在火车上二人继续研究进攻长春、永吉的问题……最后白氏总算放下心来，对杜说：“如果确有把握的话，我也同意一举收复长春、永吉。那么你就照原计划打，我马上回去同委员长讲，收复长春、永吉后再与共产党谈判下停战令。”白、杜二将军当日即同返沈阳。次日，白氏便飞回南京……
可见，“停止北进”是白崇禧的本意，又何来主张乘胜追击被否之说。据台湾编写的《戡乱战史》记载，国军总攻四平发生在5月16日，也就是白崇禧抵达东北的前一天。此时国军已占据绝对优势，而白抵东北的次日，即18日，林彪就经过中央的同意而放弃四平，同一天白也返回南京。试问，白仅在17日这一天，即便亲自干涉指挥，对于整个战局又能起到多少作用呢？
国民党在徐蚌会战之后，精锐基本丧失。此后蒋介石被迫下台，使新桂系登上了政治舞台巅峰，李宗仁也成为代总统。但是白和李所期待的划江而治却没能实现，在这种情况下，白就只能与中共正面交锋了。
奇怪的是，白崇禧虽然信心十足，但却没能掌握住那些被他部署在两湖的军队。白崇禧重蹈了1929年的覆辙，他对局势太乐观了。当解放军发起渡江战役后，湖北的张轸和湖南的陈明仁先后起义，这使新桂系的根据地广西直接暴露在解放军的面前。直到此时，白崇禧仍然困兽犹斗，他集中桂军主力于衡阳、宝庆地区实施反击。“小诸葛”的名头虽然在青树坪捞回一票，但是还不到一个月，他的主力就反遭解放军的重创。这一次，他是重蹈1930年的覆辙了。
桂军主力一战即败，其他各路桂残军自然也挡住不住解放军的进攻了。很快，各路桂军或灭或降，只有少量部队逃到越南。尽管白崇禧要在广西实行总体战，尽管还有人愿卖命，但一切都是徒劳的。很快，白崇禧不得不放弃苦心经营了数十年的根据地——广西，黯然南渡台湾。
综观白崇禧一生，历经阵战无数，可谓一员杰出将领。但在实战指挥上，白崇禧的优势则更多地表现在参谋业务上。用当年军中流传的话来说，白崇禧能入列“民国三大参谋长”而不是“三大指挥官”，也是有一定道理的。可以说，“小诸葛”之名名副其实，但“战神”之誉就姑妄听之吧。