“小諸葛”的名號早已不局限在廣西一地了。當時的國軍總司令蔣介石也十分欣賞白崇禧，就把他調到總部去當副總參謀長，三個月後又讓白兼代了第二路軍總指揮，可以說，那時蔣對白可謂是絕對的重用。
可白崇禧並不領情，他知道這些部隊不屬於桂系，他想帶兵是真，但帶的是新桂系的部隊。於是他在1927年10月利用兼任淞滬衛戍司令之機，將幾個補充團編為一個師，官兵自然是從第七軍抽調來的。兩個月後，白又從黃紹竑的十五軍那里弄來幾團人再編一個師，這兩個師就合編為第十三軍，由白自兼軍長。直到這時，白崇禧才真正如願以償。
既已擁有一個軍了，為什么不把新桂系的其他幾個軍的指揮權都抓過來呢？其實早在第七軍擴編成七、十五兩個軍之前，白崇禧就用手中的權力大力扶持鄂籍的新桂系軍官。胡宗鐸的十九軍以及陶鈞的十八軍，都是在白的大力支持下成立起來的。加上當時擔任第七軍軍長的夏威又和白的關系十分密切。這樣一來，新桂系當時的五個嫡系軍，白一個人就掌握了四個。
好景不長，繼新桂系在1927年將蔣介石趕下台之後，李、黃、白等人又因裁軍及諸多原因，於1929年起兵反蔣了。只是這一次，新桂系輸得傾家盪產。在蔣的金錢攻勢下，原本抱有很大希望的武漢決戰，沒打就注定了失敗的命運，白只得灰溜溜地跟着李、黃跑到香港避難去了。這件事從側面暴露出了白不懂政治的缺陷，並使他確立了今後“重軍少政”的立場。
1929年11月，白崇禧借廣西局勢混亂之機，隨李宗仁重返廣西，並出任護黨救國軍前敵總指揮一職，中原大戰爆發後白又改任第一方面軍總參謀長。雖然白所制訂的作戰計劃在戰事一開始就打得湘軍節節敗退，但是桂軍並沒能將湘軍擊垮。之後粵軍入湘側擊桂軍，這就使桂軍更難打開局面了。
撤退，只能是唯一的選擇。但是白崇禧在這個時候卻一反常態地堅持集中兵力，要在衡陽與粵軍決戰。這一提案雖然得到了李宗仁的支持，但並不符合現實，甚至有不少白的擁護者也反對。即便如此，決戰還是打了，結果，自然是敗了，敗得很慘。這就直接促使了黃紹竑的退出，但卻使白崇禧上了位，成了二號人物。
白崇禧適時抓住了各路軍閥不願與桂軍決戰的想法，堅決主張抵抗，使新桂系避免了滅頂之災，這使他個人的威望達到一個新的高度。兩廣合作後，李宗仁常駐廣州，將桂軍的指揮權下放給白，白就借這個機會排斥異己，並利用自己兼任廣西軍校校長的指揮大力培植親信，使他在不到兩年的時間內，把桂軍整成了支“白家軍”。
那么要不要取代李宗仁成為新桂系的最高領導人呢？白崇禧沒有這么做，因為他心里明白，自己不擅長於政治，與其爭着成為政治領袖，不如借着李的威望專心發展軍隊，由此開始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是，上世紀三十年代中國軍人對戰爭的理解，大部分仍停留在一戰時期的陣地戰模式中，這使國軍在抗戰之初，不能適應新的戰爭模式，導致大量傷亡。白崇禧對於桂軍的訓練同樣如此，導致桂軍在投入到上海戰場時接連發起無謂的密集沖鋒，遭日軍重創。桂軍在淞滬會戰中不僅損失了大量優秀軍官（旅長三名，團長四名），也使其精銳盡喪，很長一段都沒恢復元氣。好在白崇禧經過這次教訓改變了戰爭觀，根據國軍的實際情況提出了新的游擊戰術，並主張“積小勝為大勝”，在很大程度上改變了之後的作戰模式。
抗戰的爆發，使新桂系重新歸屬到蔣介石麾下，白崇禧也被調到中央效力，先後出任大本營副參謀總長和軍訓部部長等要職。八年抗戰，白指揮過兩次較大的作戰，一次是代理第五戰區司令長官，調動大別山地區的桂軍積極出擊，策應武漢守軍。另一次是指揮桂南會戰，昆侖關的大捷，白也起到不小的作用。但是這兩次會戰，都以失敗告終，尤其是桂南會戰的失利，白負有不可推卸的責任。戰後，他受到了降級處分。有人說台兒庄大捷白崇禧也有出力，這或許確有其事，但需要指出的是，台兒庄戰役只是徐州會戰的一個組成部分，而徐州會戰的結果，同樣是失敗了。
桂軍參加抗戰之後，白崇禧主張對怯戰分子予以嚴懲，尤其是對一批作戰不力或臨陣脫逃的軍、師、旅、團長或撤職或槍決，這在很大程度上為桂軍的積極抗戰樹立了正面形象。然而到了抗戰後期，白崇禧也顯露出他私心的一面。比如在1944年的桂柳會戰中，他將本應承擔防守桂林的幾個與他有親信關系的師、團長調走，並抽出了精銳部隊以保存元氣，反調一個新兵師來承擔守城任務，這在很大程度上打擊了士氣。抗戰勝利之際，白崇禧甚至還違背蔣介石不讓桂軍進入南京受降的命令，暗中指示所屬第七軍一個師進城受降，給了蔣記中央一個難堪。
內戰中的桂軍，雖散布在華東、華中兩個戰場上，但鮮見硬仗，基本在打醬油。白崇禧有自己的算盤，他依然想保存實力。唯一的萊蕪戰役，還是因為部隊主官的異動，而未戰即敗。桂軍在基本沒有受到較大損失的情況下，度過了三年，而白也在1948年由國防部長調任華中“剿匪”總司令。
現在有不少人說白崇禧在擔任國防部長前夕曾前往東北指揮作戰，並在四平大敗林彪，白先勇《戰後國共東北之爭》一文中也指稱由於蔣沒有采信白崇禧乘勝追擊的建議，片面下停戰令，給了林彪喘息之機，方導致日後東北慘敗。筆者認為，此二說有待商榷。
我們知道，白崇禧前往東北之前的實際指揮者是東北保安司令長官杜聿明，前線指揮由副司令長官鄭洞國負責。根據史料記載，白崇禧是在5月17日奉命前往督戰的。這里的“督戰”是什么意思呢？從字面上理解就是親臨前線監督作戰，那么作為督戰官的白崇禧有權直接干涉指揮嗎？筆者目前還無法給出結論，不過鄭洞國《我的戎馬生涯》一書對白在東北有相當長篇幅的記述（423頁-424頁）：
5月17日特派副參謀總長白崇禧將軍到沈陽視察。白氏在當晚與杜聿明將軍詳細分析、研究了北滿軍事情勢後，又於次日在杜將軍陪同下親臨我設在開原的前進指揮所視察……白、杜二位將軍都認為攻下四平街是不成問題的。但白將軍對於我們下一步攻占長春、永吉的作戰計劃卻有些憂心忡忡……莫若打下四平街後不再向長春北進，這樣一則可以緩和國內外輿論的非難，二則可以獲得整訓部隊的時間，假如與中共和談失敗再發動進攻不遲。杜將軍則力爭一舉攻下長春、永吉……這時，我們聞報右翼兵團……並未遇到解放軍的有力抵抗……這個消息使白將軍非常高興，他也預感到解放軍可能不會固守長春，遂又拉着杜將軍一同到紅廟前方視察。據說在火車上二人繼續研究進攻長春、永吉的問題……最後白氏總算放下心來，對杜說：“如果確有把握的話，我也同意一舉收復長春、永吉。那么你就照原計劃打，我馬上回去同委員長講，收復長春、永吉後再與共產黨談判下停戰令。”白、杜二將軍當日即同返沈陽。次日，白氏便飛回南京……
可見，“停止北進”是白崇禧的本意，又何來主張乘勝追擊被否之說。據台灣編寫的《戡亂戰史》記載，國軍總攻四平發生在5月16日，也就是白崇禧抵達東北的前一天。此時國軍已占據絕對優勢，而白抵東北的次日，即18日，林彪就經過中央的同意而放棄四平，同一天白也返回南京。試問，白僅在17日這一天，即便親自干涉指揮，對於整個戰局又能起到多少作用呢？
國民黨在徐蚌會戰之後，精銳基本喪失。此後蔣介石被迫下台，使新桂系登上了政治舞台巔峰，李宗仁也成為代總統。但是白和李所期待的劃江而治卻沒能實現，在這種情況下，白就只能與中共正面交鋒了。
奇怪的是，白崇禧雖然信心十足，但卻沒能掌握住那些被他部署在兩湖的軍隊。白崇禧重蹈了1929年的覆轍，他對局勢太樂觀了。當解放軍發起渡江戰役後，湖北的張軫和湖南的陳明仁先後起義，這使新桂系的根據地廣西直接暴露在解放軍的面前。直到此時，白崇禧仍然困獸猶斗，他集中桂軍主力於衡陽、寶慶地區實施反擊。“小諸葛”的名頭雖然在青樹坪撈回一票，但是還不到一個月，他的主力就反遭解放軍的重創。這一次，他是重蹈1930年的覆轍了。
桂軍主力一戰即敗，其他各路桂殘軍自然也擋住不住解放軍的進攻了。很快，各路桂軍或滅或降，只有少量部隊逃到越南。盡管白崇禧要在廣西實行總體戰，盡管還有人願賣命，但一切都是徒勞的。很快，白崇禧不得不放棄苦心經營了數十年的根據地——廣西，黯然南渡台灣。
綜觀白崇禧一生，歷經陣戰無數，可謂一員傑出將領。但在實戰指揮上，白崇禧的優勢則更多地表現在參謀業務上。用當年軍中流傳的話來說，白崇禧能入列“民國三大參謀長”而不是“三大指揮官”，也是有一定道理的。可以說，“小諸葛”之名名副其實，但“戰神”之譽就姑妄聽之吧。