随主降清
所向披靡的清军却对郑成功犯了难，因为清军起源于草原游牧民族，论陆地战可以说鲜有敌手，面对海战就成了束手束脚的旱鸭子。无奈之下，清朝多次对郑成功进行劝降。郑成功是出了名的抗清英雄，骨头硬的不行，就算老爹郑芝龙在清军手中，也威胁不了他。
此时，清朝并不敢贸然对郑成功用兵，除了不擅海战，胜负难料外，还有一个原因就忌惮镇守云贵的吴三桂。虽然吴三桂是清军得以入关的大功臣，但是清朝对其并不信任，时刻提防着他有什么异动。
综合考虑，清朝只能决定暂缓解决郑成功一事，等政权彻底稳固后，再腾出手来收复台湾。
公元1681年，解决吴三桂后，康熙政绩再次加一，没有了三藩的潜在威胁，康熙再无后顾之忧，就开始将目光放在了郑成功身上。此时，被搁置了十几年的施琅再次走向了历史舞台，成为了康熙收复台湾的第一功臣。
施琅年少时就展现出了惊人的作战天赋，年纪轻轻就投入明朝将领郑芝龙，即郑成功父亲的麾下。后来随着郑芝龙归降清朝，对于前朝反将，清廷是打心底不信任的，也不敢委以重任，所以一开始的施琅投奔清朝后混得很差。
反清复明
事情也因此出现了反复。郑芝龙降清后不久就去世了，施琅等人划归同样降清的李成栋管理。后来李成栋不满于清朝授予的官职低，还处处受到限制，从而决定反清，再次加入复明大军。
此时，施琅却遭到李成栋的暗算，几经波折，最后投靠了郑成功。两人的父辈就是至交好友，加上施琅颇有才能，郑成功起初也就非常信任他。施琅就此成为郑成功麾下最得力的左膀右臂，即使是机密要事，郑成功也丝毫不避讳施琅，甚至还多次询问其看法和建议。
再度降清
可惜好景不长，再合拍的人，也有意见相左的时候。施琅为人比较耿直，几次三番地公然反对郑成功的主张，引起郑成功极大的不满。施琅的兵权被收回，一向受到施琅压制的曾德见施琅失势，自认为是天赐良机，前去讨好郑成功。
施琅得知此事后，怒而杀了曾德，对郑成功勒令不要杀曾德的命令视而不见。郑成功对此大为震怒，认定施琅已有反意，欲准备将其缉拿但被施琅逃脱。施琅虽然逃脱了，但是其父和其弟都因此被郑成功处斩。施琅与郑成功结下死仇，施琅无处可去，只好再次投靠清朝。
收复宝岛
施琅本身就擅长海战，对郑成功的部署极为熟悉。施琅要报仇，而康熙帝要对付郑成功，两者一拍即合。只需要等待一个时机，可是谁也没想到这一等就是十多年。
郑成功去世后，长子郑经也因病离世。郑经长子郑克臧和幼子郑克塽展开了一番权力的争夺，郑克塽背后实际发号施令的人是他的岳父冯锡范，最后郑克臧被冯锡范毒杀，其势力被冯锡范摧毁殆尽。
康熙帝招来施琅，任命其为福建水师提督，全权负责收复台湾事宜。施琅也没有辜负康熙帝的期望，花费了将近一年的时间，造战船练海军，建立起一支足以与郑氏一族抗衡的海军。
1683年6月，施琅从铜山出发，顺着季风穿过海峡，在南部的八罩岛登陆，因为这里是郑氏防御最为单薄的地方。施琅直接向澎湖主岛出兵，首战却失败了。
施琅也不气馁，总结经验并且进行相应的战术挑战，决定先扫清主岛周围兵力，除了正面进攻主岛之外，还兵分两路，从东西两面发起进攻，呈包围之势，歼灭敌人。
从开始进攻到最后胜利一共耗时九个小时，施琅以最小的损失取得了最大的胜利。清军伤亡加起来两千余人，郑氏死亡一万两千人，五千人被俘虏。这场战役施琅自打了一个多月，但真正战斗的时间仅为八天，施琅就取得了胜利。
收复宝岛，施琅自1652年再次投入清朝后就开始谋划，直到1683年才得以如愿，整整等了30余年。在此期间，施琅十年如一日，密切关注福建沿海动向，研究风向等问题，静等康熙重用。
施琅对郑氏并没有赶尽杀绝，而是实施怀柔的策略。郑氏也心知大势已去，于是决定投降。施琅还去到郑成功庙进行祭奠，前尘旧恨此时都已放下，施琅想起昔日挚友，如今两人却是这番境遇，不禁痛哭失声。
宝岛收复，康熙完成了中国疆土再次统一的壮举，成为名副其实的千古一帝，抛开成见不说，不吹不黑，康熙的确是一位出色的皇帝。当然，郑成功郑氏一族也是民族英雄，是他先从荷兰手里收复的宝岛，才有了后面康熙的一统，两者不能混为一谈。