蛇約在3億年前從有四肢的穴居祖先進化而來，它是由占代的蜥蜴類發展起來的真正陸地生活的脊椎動物。最早的蛇類化石發現於距今7500萬年前的白堊紀早期的地層巾，蛇類的出現可能還早至1.3億年前的白堊紀晚期，甚至在侏羅紀就已經有蛇類的存在了。
蛇亞目與蜥蜴亞口關係最接近。許多學者認為蛇類是由古代有四肢的穴居祖先某些蜥蜴類生物進化而來。在漫長的進化歷程巾，蛇的四肢退化，使它易於穿過岩隙和地下洞穴，身軀的長度對粗徑的比例大大新增，逐漸演化成了今天的爬蟲類蛇類。近代生物學的研究提供了有力的資料，即蛇與蜥蜴某些種類的運鐵籃白和血紅堡白，其電泳移動速度相同而形成重疊的系列，難以判別出目與目之間的區別。如美洲鬣蜥與蛇類的血紅蛋白，經胰蛋白酶水解所產生的多肽指紋圖譜有許多相同的地方。囙此可以說蛇的祖先是原始的蜥蜴類，或者說是高度進化了的蜥蜴。
與蛇類鱗片和骨骼的結構比較，蛇毒的進化發展更為迅速突出。這可能和環境變化、食物種類在生物的進化過程中有關，存優汰劣，物競天擇。適者生存。這是自然界不可抗拒的規律。某些蛇類為了生存，在環境、氣候、食物及許多相關因素的變化下，蛇毒產生了。
蛇毒的產生，既為蛇類的自身生存繁衍立下了汗馬功勞，義為現代人們對蛇毒的應用帶來好處。但是蛇毒同時也給人們帶來了恐懼和不安。