脊椎動物除神經分泌腺（如下丘腦和神經垂體）和起源於神經組織的內分泌腺（如腎上腺髓質）外，還有一些由消化腺管部產生的內分泌腺，如腺垂體起源於口腔頂部，甲狀腺、甲狀旁腺、鰓後體以及甲狀腺c細胞起源於咽部，胰島起源於小腸，胃和十二指腸本身亦分泌激素。體腔後部的生腎組織（中胚層）分化形成腎上腺皮質、性腺和腎臟。此外，還有松果體、胸腺以及魚類的尾下垂體（urophysis）和斯氏小體（COl'puscle 0fStannius），它們所分泌的激素情况。
兩栖爬行類在脊椎動物的進化過程中處於一個特殊的位置。如爬行類以上的脊椎動物都形成一對腎上腺，而且嗜鉻組織和腎上腺皮質結合更為緊密。爬行類和鳥類的嗜鉻組織分散在腎上腺皮質內，而哺乳類則形成腎上腺髓質。在高等脊椎動物，這兩種分泌組織緊密結合在一起具有特別的作用。腎上腺皮質在沒有髓質的離體培養下仍能正常分泌激素，但腎上腺皮質能促進髓質的苯乙醇胺一N一甲基轉移酶的形成，這種酶能使去甲腎上腺素甲基化而轉為腎上腺素。囙此，兩種組織結合，通過局部門脈系統而使髓質能產生較多的激素。
總的來說，脊椎動物的內分泌腺是由分散的神經分泌細胞原始脊索動物的黏液分泌細胞以及形成性腺、腎臟和體腔的一部分中胚層所形成的。最原始的機能是調節離子平衡，促使它們進化發展，一方面是生殖、發育和生長季節性調節的需要，另一方面是顎的形成，使無選擇的被動的濾食管道轉變為有選擇的主動的捕食管道，需要調節消化與代謝。在長期進化發展過程中，內分泌腺形態構造的主要變化是由分散的內分泌細胞發展為密實的血管豐富的腺體。