蟒蛇的免疫系統
野生蟒蛇比其它的爬蟲動物更容易因人工飼養所產生强烈的反應。這種神秘而溫馴的蛇似乎比其它物種更容易對人工飼產生不適。影響荷爾蒙分泌，這會牽連到正常的生理機能與行為。在被影響到的生理機能中，最重要的可能就是免疫系統了。現今的獸醫知識很著重於支持蟒蛇的免疫系統，一方面避免疾病的發生，另一方面强化治療效果。
寄生蟲
想要您的蛇活的健康長久，將這些寄生蟲消滅是非常重要的。
用鑷子去除蛇蟎後對資傷口要施以抗生素藥膏，每天一次至少一周。因為蛇蟎會在吸血時傳染細菌性疾病，有系統的抗生素治療常是必需的。
蛇蟎可用除蟎噴劑（含敵敵畏）、愛滅蟲噴劑或除蟲菊劑。可以把除蟎噴劑放入小瓶子中（在蓋子上打洞），置入蛇箱中三到四個小時，每週二至三次，持續三周。當數量較大時，視清况每四到五天在蛇箱內及蛇的身上均勻的噴上一層愛滅蟲（10毫克對945毫升的水）。我雖然不會對於內部線蟲類的問題使用愛滅蟲，但是愛滅蟲在這種濃度下還沒有產生過問題。
將蛇的水盆取出，直到藥完全幹掉再放回。只在通風良好的蛇箱中使用愛滅蟲。我使用以下的方法有良好的功效：對受感染的蛇及蛇箱內噴灑愛滅蟲，於其它的地方如蛇箱外部及架子上噴灑除蟲菊劑。您也可以在蛇箱外部使用愛滅蟲，但它的藥力能持續多久是未知的。在使用任何這些管道前，徹底的清洗蛇箱並將所有無法清洗的躲藏物丟棄。否則這些療法都是無效的。
腸胃問題
許多人會發現他們剛買回的蟒蛇會吐、分泌過多的粘液、糞便帶血或惡臭。腸胃炎通常是因為內部寄生蟲、原蟲、細菌感染或不當的照顧所引起。內部寄生蟲及原蟲可以藉由糞便檢驗發現，並且只要正確的用藥，都可以輕易的治療。不當的加溫會導致免易力下降並且使腸道內的食物無法正常消化。餵食後兩到三天內過度的把玩可能造成緊張的蟒蛇嘔吐。
細菌感染也是常見的，或許因為虛弱的寄主會給細菌機會快速增生。要維持腸道內正確的細菌平衡，蟒蛇需要正常的進食與排泄。多數進口的蟒蛇都營養不良且脫水，這會加重影響它們腸道內的細菌平衡，造成其它細菌的增生。這些蛇通常也和許多其它的蛇混在一起，於是接處到其它傳染性寄生蟲、細菌甚至病毒病原體。對於輕微的症狀，可以在第一、三天或單次給於口服甲硝唑（每公斤25~40毫克）。甲硝唑通常每當作殺原蟲藥，但它也是一種很好的腸道抗生素，對於不易辨別的厭氧性細菌特別有用。較難醫治的案例，獸醫可能要進行細菌培養來給於正確有效的抗生素。
在面對吐及腹瀉的問題是，治療期間暫停餵食讓腸道有時間復原是很重要的。除非也會造成嘔吐，應進行輸液治療。如果蟒蛇對治療反應良好，初期可進行少量且少次的餵食。對體重小於1公斤的蟒蛇，這是每7至10天餵食一隻乳鼠或很小的小白鼠。如果蟒蛇進食及排泄都正常，用二至三周將進食的量及頻率調整到正常。雖然蟒蛇看起來不易過度進食，但餵食頻率太高會造成消化不良及腸胃不適。