藥膳有別於普通飲食，應用時須注意食療中藥的性味、藥膳的宜忌、選料與加工、烹調科技等，並要掌握藥膳應用的基本原則：
1.注重整體，辨證施食
在運用藥膳時，首先要考慮自身的體質、健康狀況以及季節時令、地理環境等多方面情况，判斷其基本證型，然後再確定相應的食療原則。
在藥膳治療中，不僅要講究非食療中藥材的性味，也要注意食療中藥材的性味。一般來講，溫性、熱性的食療中藥，如生薑、大葱、紅棗、核桃、羊肉、小茴香等，具有溫裏、散寒、助陽的作用，可以用來治療寒證、陰證；凉性、寒性的食療中藥，如綠豆、藕、西瓜、梨、荸薺、馬齒莧、菊花等，具有清熱、瀉火、凉血、解毒的作用，可以用來治療熱證、陽證。
就五味而言，酸味食療中藥，如烏梅、石榴等，能收斂、固澀；苦味食療中藥，如苦瓜、杏仁能清熱、降氣、瀉火、燥濕；甘味食療中藥，如大棗、蜂蜜、飴糖，能補養、調和、緩急止痛；辛味食療中藥，如生薑、大葱，有發散和行氣等作用；鹹味食療中藥，如海藻、海帶等則能軟堅散結；淡味食療中藥能滲利小便，如茯苓、薏苡仁等。
2.良藥可口，服食方便
藥膳使用的多為藥、食兩用之品，並有食品的色、香、味等特性；即使加入了部分藥材，由於注意了藥物性味的選擇，通過與食物的調配仍可製成美味可口的藥膳。
藥膳的烹調，主要以“燉、煮、煨、蒸”為主，最後都可成為“湯”，這樣可使藥物和食物在較長時間受熱過程中，最大限度地釋放出有效成分，增强功效。藥膳烹調的特點是以藥物和食物的原汁原味為主，做到既具補益作用，又具菜肴鮮美的特點，以誘發人們的食欲，從而達到確切的功效。
3.優選藥材，科學烹製
藥材的選用也講究“辨證施治”的原則，根據人體體質和食物的搭配、本身的藥性，選購藥材一定要新鮮優質，凡是變質、發黴的均不能食用。藥膳所用的中藥材和食物首先要淨選，使之清潔乾淨，無雜質异物，無塵土，無黴變腐爛，還要注意其色、味純正，外形美觀，品質優良。
為保證藥膳療效，還應對藥材與食物進行必要的加工處理。有的需切片、切絲、切丁或切段，有的需粉碎為細末，有的則需按中藥炮製的要求進行炮製加工，以减其毒性或副作用。
優良的藥膳必須講究烹調科技。一般食用中藥以及無不適氣味的中藥，可與食物一起烹製，若藥物較多或有明顯不適氣味，可用紗布將藥物包好，再與食物一起烹製，藥性即進入食物或湯裏，服食時要將藥渣去除。也可先將中藥煎煮，濾取藥汁、去渣，再在食物烹調過程中加入藥汁，减少營養和有效成分的破壞。