在使用飲水機時，由於外部空氣會在取水過程中進入桶內，而空氣中的細菌便會在這個密閉空間中滋生並污染飲用水，所以應當定期地對飲水機進行消毒，否則細菌超標將會有損健康。
據悉，一到夏季，有些人經常患腸胃病卻找不出原因，如果這樣的患者家裡有飲水機，不妨從飲水機上找找原因，因為這樣的情况很有可能是飲水機未能定期清洗造成的。
據瞭解，我們使用的飲水機內有兩個水膽，也就是熱水膽和冷水膽，它們分別用於加熱和製冷。人們通常在桶裝水喝完之後，重新換上一桶水就完事大吉，忽視了飲水機內膽及筦道的清洗與消毒。隨著飲水機使用時間的延長，飲水機的內膽和筦道內的細菌也將會大量繁殖，這樣飲水機就成了細菌滋生的溫床。到了夏季，由於溫熱潮濕，細菌等微生物的繁殖速度會更快，這樣就會給飲用者的身體造成傷害。
不只是桶裝水的飲水機需要定期清洗，許多家庭使用的淨水器也應該經常清洗，因為淨水器中的過濾芯棒長期不更換，大量重金屬離子和其他的雜質、細菌會沉積下來，其中的細菌、綠藻等微生物很容易快速滋生，同樣會對人體造成傷害。所以使用淨水器的家庭要特別注意，除了要定期清洗飲水機外，還要及時更換過濾芯棒，一般一年得更換3－6次。
家用飲水機六步完全清洗
許多人家裡的飲水機使用了一段時間，想全面清洗一下，不知該如何下手？其實，現時清洗飲水機內膽所採用的比較普遍的方法是用去污泡騰片或專用消毒劑。現時各大量販店均有此類產品出售，價格也不貴。
飲水機清洗的方法如下：
第一步：拔去電源插頭，取下水桶，打開飲水機後面的排污管口（一般為白色塑膠材質的旋鈕），排淨餘水。然後，再打開冷熱水開關放水。
第二步：取下“聰明座”（就是飲水機內接觸礦泉水桶的部分），用酒精棉仔細擦洗飲水機內膽和蓋子的內外側，為下一步消毒做準備。
第三步：按照去污泡騰片或消毒劑的說明書配寘消毒水，導入飲水機，使消毒水充盈整個腔體，留置10~15分鐘。
第四步：打開飲水機的所有開關，包括排污管和飲水開關，排淨消毒液。
第五步：用清水連續沖洗飲水機整個腔體（這個過程建議把飲水機搬到衛生間裏，保證水量充沛），打開所有開關排淨沖洗液體。
第六步：放一杯水，聞聞有沒有氯氣味。如有，再放水，一直到聞不出任何氣味才可以放心地喝。
專家建議，至少2個月清潔一次飲水機，夏季應該每個月清洗。