巧克力可以分為兩類：一類是純巧克力，一類是以代可哥脂（包括精煉油脂、植物油脂等）代替可哥脂製作的複合巧克力。如果巧克力存放時間過長，就像油變得酸敗了一樣，會導致過氧化值增高。過氧化值是反映食品中油脂氧化程度的名額，一旦超標會直接影響食品的品質，而如果出現了這種情況，往往要通過專業儀器設備才能檢測出來，普通人從外表很難加以判斷。食用過氧化值超標的巧克力對人體會產生較大危害，比如導致腸胃不適、腹瀉並損害肝臟等。
一般來說，普通巧克力的保存期限為一年左右，但隨著內容物的不同，時間會有所增减。尤其是添加鮮奶（或牛奶成分較高）、榛果類的巧克力產品，由於其中的不飽和酸含量高，果仁等很容易被空氣氧化，也就相對縮短了巧克力的保存時間。所以，鮮奶或果仁巧克力更要注意保存，否則容易變質。
還有一種常見情况，有些巧克力，雖然沒有過期，但表面出現了白霜，這多是由於保存不當造成的。如果儲存環境潮濕，巧克力中的糖分容易被表面的水分所溶解，待水分蒸發後會留下糖晶。即使巧克力是密封包裝的，水分還是會從外包裝的折疊或邊角處滲透進去，使其表面被一層薄薄的呈灰白色的糖霜覆蓋。另外，可哥油晶粒會溶解滲透到巧克力表面再次結晶，導致巧克力出現反霜現象。表面結霜的巧克力仍然可以吃，雖然會失去原來的醇厚香味和口感，但對人體並沒有危害。
最後提醒大家，巧克力最好現買現吃，購買時不但要注意生產日期，也應儘量縮短保存時間。儲存巧克力的最佳溫度是5℃—18℃。夏天，如果室溫過高，最好先用塑胶袋密封，再置於冰柜冷藏室儲存。取出時，請勿立即打開，讓它慢慢回溫，至接近室溫時再打開食用。冬天，如果室內溫度低於20℃，儲存在陰涼通風處即可。