板藍根具有清熱解毒的作用，中醫常用於治療病毒性感冒、流行性乙型腦炎、扁桃體炎、腮腺炎、肺炎、肝炎、丹毒等疾病。但在臨床上，醫生根據病情選擇藥物基本上都是幾種藥再加上板藍根，一般不會單獨開這一種藥，更不會讓患者長期大量服用板藍根。
濫用板藍根的危害並不少。有比特家長為了給孩子預防感冒，每天都讓孩子服用3包板藍根，結果一個星期後，孩子喝出了消化道出血。
可見，板藍根毒副作用雖小，但如果不對症地長期服用或過量濫用，也會產生不良反應。這主要是由於板藍根藥性寒，味苦，長期或過量服用會傷及脾胃，容易出現一系列消化道反應。如胃痛、噁心、嘔吐、腹瀉等症狀。特別是體質偏虛寒的人，如果常感脾胃不和，容易腹瀉、身體怕冷，就更不宜多喝板藍根沖劑，以免感冒沒治好，反而出現胃痛、畏寒、食欲不振等症狀。小孩脾胃功能尚未健全，濫服板藍根，很容易引起消化不良。