主要不同之處在於：雷射是一種單色性、相干性光源，囙此對單一靶色基的選擇性高，破壞力强；而强脈衝光是一種多色性、非相干性光源，對單一靶色基的破壞力較雷射弱，但能同時針對色素、血管和水等多種靶色基進行治療，囙此對於複雜皮損更具優勢。
雷射是波長固定的單色光，而强脈衝光是波長在420-1200之間，光譜寬，易調節。不同於雷射的固定不可調，强脈衝光的脈寬一般式連續可調的。强脈衝光每次出光都可以選擇1-3個脈衝，且光斑較大，而雷射更多的是只有單個脈衝，光斑很小。强脈衝光是一種以脈衝管道發射的强光，可以做到在光發射時，能量被發出，脈衝延遲，使靶組織冷卻下來，因而保證了治療的安全性。强脈衝光裏包含著一連串波長，而雷射在治療上則更具有針對性，比如說祛斑或者去痘印。