9月16日，中國科學院上海巴斯德研究所崔傑研究組在國際學術期刊《科學通報》（Science Bulletin）以Short Communication的形式線上發表了題為“Comparative study of the malacostraca viromes between deep sea and shallow water”的最新研究成果。
深海具有光照少、鹽度高等獨特的理化性質，是不利於生物生存的極端惡劣環境。由於採樣困難，人們對於深海的研究較為局限，而對深海病毒的種類更是知之甚少。在這項工作中，崔傑團隊對“科學”號科考船在深海冷泉區採集到的一種蝦類（潜鎧蝦，Shinkaia crosnieri，生活在水下1100米處）開展了病毒組學研究，以瞭解深海生物的病毒組組成。為了比較深海、淺海生物病毒組成的差异，研究團隊還分析了淺海軟甲綱動物（蝦、蟹等）病毒組，完善和補充了人們對於海洋病毒圈的認識。
研究團隊揭示了深海柯氏潜鎧蝦攜帶的10類病毒（Nidovirales、Nupiridae、Bunyavirales、Hepelivirales、Ghabrivirales、Jingchuvirales、Wolframvirales、Picornavirales、Qinviridae和Articulavirales）。基於深海-淺海間的病毒組比較，他們展現了不同深度海洋生物的病毒組結構的差异以及相似性：在深海柯氏潜鎧蝦攜帶的10類病毒中，Articulavirales和Qinviridae的病毒只在深海軟甲綱動物中分佈，而其餘8類病毒同時被深海和淺海的軟甲綱動物攜帶。此外，研究團隊還對病毒和宿主的相互作用進行了描述，例如Hepelivirales的病毒在軟甲綱動物中表現出了一定的宿主限制性。整體而言，這項研究首次報導了深海蝦類的病毒組組成，並對深海-淺海生物的病毒組進行了比較分析，有助於擴展人們對海洋病毒遺傳多樣性、進化、生態學特徵的認識。
深海和淺海軟甲綱病毒組：a.採集的潜鎧蝦圖。b.深海和淺海軟甲綱生物樣本中發現的病毒種類和數目。深藍色代表深海，淺藍色代表淺海。圓中數位代表每類樣本中的病毒種類數，括弧中數位代表該目或科病毒的條數。c.軟甲綱生物宏轉錄組數據中的病毒種類和分佈。上方柱狀圖為每個測序文庫中的reads或非rRNA reads數，條形圖上方是文庫的名稱和宿主類型。下方柱狀圖和折線圖展示了每個文庫中的病毒種類和豐度，不同顏色代表不同目或科的病毒種類。d.熱圖展示了不同深度軟甲綱宿主和病毒分類之間關係。
碩士研究生張譽譯和廖蒙恩為本文的共同第一作者，崔傑研究員為本文的通訊作者。該研究得到國家自然科學基金、中國科學院分子病毒與免疫重點實驗室等項目的資助。崔傑團隊長期從事病毒演化研究，近年來聚焦於海洋病毒組技術開發與應用，揭示海洋病毒的遺傳多樣性、進化規律、傳播模式和海洋病毒參與元素迴圈特徵，已發表多篇開拓性的工作。
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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2095927321006253
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