瀾滄江-湄公河次區域是HIV-1流行的重點區域，瞭解該區域HIV-1流行狀況及跨境傳播將為國家生物安全體系建設和愛滋病防控策略提供科學數據。中國科學院昆明動物研究所鄭永唐研究員學科組自2005年始開展了瀾滄江-湄公河次區域HIV-1的分子流行病學研究，發現該地區是HIV病毒重組發生的“大熔爐”和新流行株產生的“熱點地區”（Pang W et al.AIDS，2012；Zhou YH et al.AIDS Res Hum Retroviruses，2015），並先後在該地區發現和命名了4種新的HIV-1流行重組型（Chen X et al.Virulence，2017；Hu Y et al.AIDS Res Hum Retroviruses，2017），揭示了跨境外籍人員、長途卡車司機、靜脈注射吸毒人群等在HIV-1跨境傳播中的重要作用（Zhou YH et al.BMC Infect Dis，2014；Chen X et al.Virulence，2018；Chen X et al.Virol Sin，2018）。
為進一步瞭解該區域其它國家或地區HIV-1的流行特徵，鄭永唐學科組對老撾首都萬象某醫院2011年-2012年的2851名患者進行了回顧性研究，擴增獲得了61條HIV-1近全長基因組序列，發現老撾流行的HIV-1亞型主要是CRF01_AE（56/61，91.8%）。發現一株新的HIV-1流行重組型CRF97_01B，該流行重組型以CRF01_AE為骨架，在gag-pol基因區域有B亞型的插入，這是在老撾發現和命名的第一個HIV-1流行重組型（圖1A）（Chen X et al.Virol Sin，2020，35:538-547）。學科組還回顧性地分析了2008-2014年緬甸169名未接受抗病毒治療的HIV-1感染者的基因耐藥特徵，發現該人群HIV-1傳播耐藥的比例高達20.1%，且CRF01_AE和BC重組型傳播耐藥的比例高於其它亞型（圖1B）（Ye M et al.Infect Drug Resist，2020，13:1123-1132）。
瀾滄江-湄公河次區域內的雲南省也是HIV-1流行重災區。鄭永唐學科組從雲南省2014-2016年接受抗逆轉錄病毒治療的HIV-1异性傳播患者中擴增獲得15條HIV-1近全長基因組序列，發現並命名了2種新的HIV-1流行重組型：CRF111_01C和CRF116_0108（圖1C）（Ye M et al，Virulence，2021，DOI: 10.1080/21505594.2021.2010399）。為進一步分析雲南省HIV-1的跨地區傳播特徵，學科組從雲南省盈江縣和開遠市310名HIV-1/HCV共感染的吸毒者中擴增了HIV-1env、p17、pol和HCVC/E2、NS5B基因片段，發現該人群中存在3種HIV-1流行重組型、4種HIV-1獨特重組型和8種HCV亞型的流行，且HIV-1和HCV的時空動力學傳播特徵具有高度的一致性，提示同時防控HIV-1和HCV的重要性（圖1D）（Wang Y et al.BMC Infect Dis，2021，21:1001）。
課題組經過10餘年的系統研究，明確了瀾滄江-湄公河次區域HIV-1分子流行病學特徵，為我國雲南省的HIV-1防控提供了可靠的理論依據。以上研究得到了國家重大科技專項、國家自然科學基金、愛滋病亞洲區域項目、雲南省科技廳等資助。