天猫旗艦店的商家線上下都是有自己的實體店的，同樣有很多線下品牌都會在天猫上開旗艦店，而京東上的商家主要是以自營為主題，他們是有自己的倉庫的，天猫的物流是和協力廠商的物流平臺合作關係，亦或者和菜鳥驛站合作。我們可以把京東自營店理解為：商家去採購好的商品，然後通過京東出售，利用京東物流配送到客戶手上。
經過了那麼多年的努力，二個購物平臺現如今已經很可靠了，不管是在物流還是在服務方面已經很優秀了。只不過兩個平臺的蒐索規則不同而已，天猫的蒐索是按照排名來看店鋪整體的銷售，例如動態評分、評估、權重、店鋪的等級來劃分流量的。京東就不一樣，因為京東上的店鋪主要分為自營和招商，所以在排名方面一般都是會把直營店放到最前面。
通俗一點來說，天猫上蒐索主要是以店鋪整體位置進行的，我們在天猫蒐索某個產品時，排在最前面的一般都是比較大的品牌店，或者直接是品牌店，這就體現出天猫對店鋪的重要性。京東則是更看重商品本身數據。
二者的物流也是有很大的區別，京東有京東物流，而天猫靠到依然還是協力廠商平臺和菜鳥驛站，京東在配送方面做的還是很不錯，全國各地基本都設有專門的配送倉庫，物流會比天猫物流快。天猫的入駐門檻高，如果沒有一定的品牌效應，想要入駐天猫怕是很困難。