孔雀魚近親繁殖可能會導致後代長不大，出現基因退化的現象，但是也可能會因為不斷的强化，繁殖出品相好的新品種，或因為惡性繁殖導致出現死亡的情况。
孔雀魚近親繁殖的後果
孔雀魚在近親交配繁殖後，可能會使子代的基因逐漸退化，導致子代以及後代一直長不大。此類主要是針對完全近親而言，也就是一公一母產下的不同性子代繁殖出來的幼仔魚。
但是在繁殖缸內的孔雀魚母魚產下的幼仔魚可能是兩個公魚的後代，囙此並不完全算是近親繁殖，這種情況下繁殖出來的幼仔魚進行繁殖，一般是不會出現任何問題或疾病的。
但是在大繁殖缸內混養的公母孔雀魚，其繁殖出來的子代，再進行近親繁殖，最終可能會經過不斷的强化，以致繁殖出品相上佳的新品種，但也可能會因為惡性繁殖導致全部死亡。