飼料中添加抗生素不僅能預防畜禽疾病，而且能改善畜禽的新陳代謝、促進畜禽生長、提高成活率和飼料轉化率。但長期大量持續使用會產生耐藥性，並在畜禽產品中殘留給人體健康帶來危害，已遭到無抗品的抵制。囙此，現時在飼料中添加抗生素更應講究添加的數量、管道和方法，將抗生素的危害降到最低。
用藥時間
一種抗生素在使用一段時間後會產生抗藥性，長期使用同種抗生素會抑制腸道某些有益微生物的正常生長和繁殖。嚴格控制用藥時間，可有效地限制藥物在畜禽產品中的殘留量。如土黴素鈣鹽在用作猪飼料添加劑時，就應在屠宰前7天停藥。
配伍禁忌
市場上銷售的抗生素種類繁多，如果在使用時不注意配伍禁忌，不但起不到預防治療作用，還可能引起畜禽中毒死亡。如四環素類抗生素與青黴素、磺胺類藥、氯黴素有配伍禁忌。
區別各類
不同畜禽種類、同一畜禽的不同生長階段對抗生素的要求是有區別的，如猪在配種及產仔前後適量飼喂抗生素可提高受胎率、產仔數和斷奶窩重，而仔猪在8～10周齡時使用抗生素效果就會下降。同樣，土黴素用於成年的反芻動物後，會抑制瘤胃微生物的活動，而對幼齡牲畜的效果則較好。
添加種類
在飼料中添加抗生素，還要注意選用動物專用抗生素，少用或不用人畜共用的抗生素，並且隨環境條件的改變相應地改變抗生素的種類和劑量，隨時注意環境衛生與消毒，以進一步提高抗生素的功效。
添加數量和均勻程度
如土黴素用作治療畜禽疾病時，可在飼料中添加0.1%，而用作飼料添加劑時，每噸飼料只需添加10～15克。有的養殖戶為保證療效，往往加大添加數量，這樣做不僅新增了生產成本，增强了病原菌的耐藥性，而且污染了環境，降低了效益。使用抗生素時應先製成預混劑，然後再均拌入飼料中，這樣一般能够拌勻。嚴禁將抗生素純品直接拌入飼料，這樣做往往會因攪拌不均而發生畜禽中毒。