為了促進的選育、提純和品質改良，僅僅重視對藏獒的選擇是不够的，還必須注意並加强藏獒的配種。但不是藏獒在原產地的自然交配，而是人們有目的、有意義地選取在性狀表現、效能特徵乃至親緣關係等方面有一定特色的公母犬進行交配。選配不僅可以鞏固父母本藏獒在某些方面的性狀遺傳，更可以創造和培育出優良的藏獒個體。這種交配方法或交配形式稱為藏獒的選配。藏獒的選配有以下幾種類型。
一、等級選配即按綜合評定等級標準對與配公母犬進行等級評定，確定公母犬的等級後，再確定公母犬的配對或交配。通常公犬的評定等級應高於母犬，每世代主配公犬應達到特級，不低於一級。而基礎母犬或稱為與配母犬應達到一級，個別具備獨特效能或特徵母藏獒容許二級。公犬的等級按特級或一級要求，原因在於公犬影響面大。選擇品種效能或特徵優良的公藏獒配種，利於提高犬群的整體水準，並使犬群性狀整齊，表現一致。二、保持血統保持血統的意義在於保持以血統為特徵的不同犬類型。據調查，藏獒有6種基本毛色，並各自在頭形、嘴形、尾形、被毛分佈、氣質品位等方面具有特色。按血統選擇公母犬交配，可以有效地把不同血統公母犬所具有的性狀與特徵集合在一起，創造出理想的藏獒個體，也可以把各血統藏獒所具備的優良效能和特徵穩定下來，保持下去。保持血統選配方法與按家系留種的方法應科學結合使用，一方面按家系留種，規定在世代更替中，必須為每只種公犬留有1個兒子，以繼承其血統。也規定為每條母犬留1個女兒，以保持其遺傳性。這樣可使各家系的特徵得以保存。另一方面，並不排除各血統間或血統內公母犬間的交配。就後者而言，容許有一定範圍和程度的近交。為使某一家系藏獒獨特的品質效能得到擴展或穩定遺傳，或者為剔除某一血統可能存在的隱性缺陷，最有效的方法就是在該家系藏獒中實施一定程度的親緣交配，即近交。據測定，藏獒有極强的抗近交能力，使用近交係數3 .125 %-12 .5 %的近交形式，諸如姑侄、叔侄、甚至半同胞交配，可有效地在後代藏獒中再現出類拔萃的祖先個體的形態和特徵，後代藏獒在生活力、抗病力、適應性及生長發育等方面並不表現出衰退。事實上，藏民羣衆也認為“有親戚關係的狗交配，狗娃表現好”。進而言之，遍查世界所有家畜、家禽的育成歷史，幾乎都不同程度地使用了近交。近交可以促進性狀基因的純合，鞏固性狀的遺傳性，揭露有害基因，並有效地形成犬群的整齊一致。所以，只要有明確的目標和正確的措施，靈活的方法，嚴格選種，就不僅能防止近交可能引起的不良後果，做到近交不衰退，並可以儘快地建立性狀穩定、品質純正的藏獒群。理論上也可以說明，在藏獒品種形成的近千年歷史中，經歷了青藏高原嚴配，自然環境的磨練和藏民羣衆極端嚴格的選擇。在藏獒種群中，應當說，隱性有害基因表現的可能性很小，凡有不良表現的個體都會被淘汰，保留的個體，幾乎不攜帶隱性不良基因。囙此，在近交中隱性不良基因重合的可能性就更低，即使近交也很少表現衰退。但這種交配卻能最有效地促進决定優良性狀基因的純合，固定優良性狀並保存某些優良個體的血統，將某一非常優良藏獒的品質效能儘快變成群體所共有，實現創造和培育優良藏獒的目標。