水產類抗菌藥是指對病原菌具有抑制或殺滅作用，用於治療水產動物細菌性疾病的藥物。
抗菌藥物的分類
根據其來源不同，抗菌藥物包括抗生素和人工合成抗菌藥。
抗生素是由生物體（包括細菌，真菌，放線菌，動物，植物等）在生命活動過程中產生的一種次生代謝產物或其人工衍生物，它們能在極低濃度時抑制或影響其他生物的生命活動，是一種最重要的化學治療劑。按化學結構性質的差异，可將水產養殖用抗生素分為以下三類：
氨基糖苷類：常用的有新黴素
四環素類：常用的有多西環素
醯胺醇類：主要有甲碸黴素，氟苯尼考等。
人工合成抗菌藥主要有兩類：磺胺類及喹諾酮類。
磺胺類藥物，針對氨基苯磺醯胺結構的一類藥物，常見的有磺胺嘧啶，磺胺甲惡唑，磺胺二甲嘧啶，磺胺間甲氧嘧啶等。
喹諾酮類抗菌藥，是指人工合成的含有4-喹酮母核的一類抗菌藥物，常用的有恩諾沙星，惡喹酸，氟甲喹等。
抗菌藥物的作用機制
抗菌藥物主要是影響病原菌的結構和干擾其代謝過程而產生抗菌作用。其作用機理不同可分為以下幾種類型。
抑制細菌細胞壁合成
大多數細菌的細胞膜外有一堅韌的細胞壁，主要由黏肽組成，具有維持細胞形狀及保持菌體內滲透壓的功能。細胞壁黏肽的合成分為胞漿內、胞漿膜與胞漿外三個環節。在胞漿內階段：合成黏肽的前體物質--乙醯胞壁酸五肽，磷黴素膜與環絲氨酸作用於該環節，阻礙了N-乙醯胞壁酸五肽的合成；在胞漿膜階段：合成黏附單體——直鏈十肽細胞膜合成十肽聚合物，萬古黴素、杆菌肽作用於該環節；在胞漿外階段，在轉肽酶的作用下，將黏肽單體交叉連接，頭孢菌素等作用於該環節。
2.新增細菌細胞膜的通透性
細胞膜是維持滲透壓的屏障。多肽類抗生素（多黏菌素B和黏菌素）及多烯類抗生素（制黴菌素、兩性黴素B）能新增細菌細胞膜通透性，導致其細胞質內核酸、鉀離子等重要成分滲出，導致細胞凋亡，從而達到抑菌的目的。
3.抑制生命物質的合成
（1）影響核酸的合成
如利福平能特异性地抑制細菌DNA依賴的RNA多聚酶，阻礙mRNA的合成。喹諾酮類藥物通過作用於DNA螺旋酶，抑制敏感菌的DNA複製和mRNA的轉錄。
（2）影響葉酸代謝
如磺胺類藥物和甲氧苄啶，分別抑制二氫葉酸合成酶和二氫葉酸還原酶，導致四氫葉酸缺乏，從而抑制細菌的繁殖。
（3）抑制細菌蛋白質合成
細菌的核糖體為70S，由30s和50s亞組織組成。四環素類藥物和氨基糖苷類藥物的作用靶點在30S亞組織，大環內酯類藥物作用於50S亞組織。抑制蛋白質合成的藥物，分別作用於細菌蛋白質合成的三個階段：①起始階段，氨基糖苷類藥物抑制始動複合物的形成；②肽鏈延伸階段，四環素類藥物封锁活化胺基酸和tRNA的複合物與30S上的A位點結合，林可黴素抑制肽醯基轉移酶，大環內酯類藥物抑制移位酶；③終止階段，氨基糖苷類藥物封锁終止因數與A位點的結合，使得已經合成的肽鏈不能從核糖體上釋放出來，核糖體迴圈受阻。
抗菌藥物的合理使用
對水生動物疾病正確診斷，選用安全、可靠、方便、廉價的藥物，合理使用抗菌藥物，可以提高生產效益、减低由藥物殘留造成的水產品質量安全風險。
合理使用抗菌藥物，首先要掌握抗菌藥物藥理學特徵，制訂合理的給藥方案。為了避免耐藥性的產生，不濫用抗菌藥物；發現耐藥菌株感染，應改用對其敏感的藥物或採用聯合用藥；聯合用藥聯合應用抗菌藥的目的在於擴大抗菌譜，增强療效，减少用量，降低或避免毒副作用，减少或延緩耐藥菌株的產生。另外，聯合用藥要注意藥物之間的相互作用。