《周易》和佛教聯系當中最重要的是和華嚴宗、禪宗這兩個宗派思想發生關係，這是因為它們和《周易》具有某些共同性。
《周易》學者和佛教學者都認為《周易》和華嚴宗思想是相通的。華嚴宗學者認為它的無相觀念和《周易》的六十四卦，384爻的變化原理是一致的。雖外，儒家也認為它的艮卦和華嚴思想是相通的，都表現了事物動靜自如這樣的基本觀念。再比如，佛教認為它的華嚴思想和《周易》的整體觀念是一致的，和“天人合一”觀念也是一致的。所以華嚴學者當中有個叫李通玄的，就用《周易》來注解《華嚴經》，他寫了《新華嚴經論》這一著名著作。禪宗中曹洞宗有一著名的開導學生的方法叫五位法，禪宗學者認為這個方法和《周易》的離卦、六爻的變化原理是一致的。
一些佛教學者為了引導儒家學者來研究禪，就用《周易》來解釋禪。明末有比特大學者叫智旭，就寫了《周易禪解》。
另外，佛教學者對《周易》也有責備。他們責備了《周易》中“太極生兩儀”的觀點，認為“太極”若作為絕對的東西就不能生，生的東西就不能做為本源。還有《周易》認為精氣是個物質，能變成遊魂《“精氣為物，遊魂為變”》，佛教學者認為這是不對的，物質是無法變成精神的。這些對推動研究物質和精神的關係問題起了很大作用。