慢性腹痛定義為間歇性或持續性疼痛至少1個月。復發性腹痛（定義為在3個月或更長時間內發生至少3次腹痛）影響著10%~25%的學齡兒童，其中80%~90%為功能性腹痛。
斯坦福Lucile Packard兒童醫院小兒消化科主任Kenneth L. Cox博士在斯坦福大學主辦的一場兒科會議上指出，一張顯示出兒童腸道充滿糞便的X線片，有助於向焦急的家長解釋兒童的慢性腹痛，這比讓家長認可心理因素導致功能性腹痛要容易得多。
Cox博士建議在評估兒童慢性腹痛時，應深入瞭解病史（尤其是精神疾病史），進行包括直腸檢查的體格檢查，並要求患兒或家長寫疼痛日記。拍攝KUB（腎、輸尿管和膀胱）X線片，並考慮進行下列實驗室檢查：白細胞分類、紅細胞沉降率、C反應蛋白、肝功能檢查、尿分析、糞便檢查，以及尿澱粉酶/尿肌酐比值。糞便檢查應包括潜血、脂肪、乳鐵蛋白、賈地鞭毛蟲酶免疫分析、幽門螺桿菌抗原、還原物質和pH值等名額。要作出功能性腹痛的診斷，很重要的一點是除外可證實的疾病，這也要求有持續性疼痛，或在2個月或更長時間內至少每週發作1次。
治療的第一步是安撫患兒及其家人，告知其功能性疼痛確實存在且是應激時的常見表現，但並非器質性疾病。治療應結合應激的處理，採取高纖維、富流質飲食，藥物（可能包括膨脹劑、止痛藥、抗膽鹼能藥物或抗抑鬱藥物），其他治療選擇包括生物回饋、催眠、心理治療、意象、瑜伽或針灸等。
總體篩查能識別出便秘導致的腹痛，這類腹痛通常發生在排便訓練有困難的兒童。如果患兒每年有至少12周出現以下問題中的至少2項，就應當考慮慢性腹痛可能是由便秘引起：每週排便不到3次和（或）超過1/4的排便有困難（形式包括大便過硬、用力排便、排便不盡感、肛門直腸阻塞感、或需要人工幫助排便）。這些患兒通常生長正常，直腸內有糞便時的肛門正常。他們通常年齡≥2歲，而且有大便失禁。
圓圈處顯示糞便積聚在患兒的大腸和直腸內
Cox博士介紹了1個典型病例：一名11歲男孩，主訴2年來臍周疼痛，每次持續時間較短（通常1~3 h），餐後加重，排便後緩解。每週2次大量、艱難排便。內衣上有糞便污漬（又稱“刹車痕”）。患兒的飲食中纖維較少，流質不足。
內科治療可使患兒的便秘、大便失禁和疼痛得到緩解。首先，採用口服藥物（如檸檬酸鎂、磷酸蘇打或聚乙二醇）清除積壓的糞便。也可選擇灌腸或肛門栓劑，但“我個人不願使用這些方法，因為它們會帶來不適”。
在維持治療方面應採取富含流質和纖維的飲食。將患兒的年齡加5即可估算出每日應攝取的膳食纖維克數。持續治療直至患兒能達到每日至少排便1次且1個月不發生大便失禁。應教會患兒在餐後上廁所。如果患兒做得好就給予適當獎勵（如紙折的小星星），如果患兒表現不佳也不要懲罰。
如果上述方法對患兒無效，肛門直腸檢查或許會顯示出异常排便，例如肛管在排便時不能鬆弛。生物回饋治療結合電視遊戲有助於訓練患兒放鬆肛管。
除了便秘和功能性腹痛之外，其他常見的小兒慢性腹痛病因還包括胃食管反流（在兒科常表現為腹痛而非胸痛）或運動中腹壁受傷。喝大量碳酸飲料也可導致吞氣症而引起腹痛。青少年慢性腹痛中大約有一半涉及乳糖不耐受。泌尿道感染、賈地鞭毛蟲或幽門螺桿菌感染也是相對常見的病因。
在罕見情况下，兒童慢性腹痛還可由消化性潰瘍、胰腺炎、炎症性腸病、膽結石、腎結石、膽總管囊腫、椎間盤炎或腹型偏頭痛所致。“腹型偏頭痛的發生率高於既往看法”，學齡兒童中大約2%患有腹型偏頭痛和週期性嘔吐綜合征，在一項納入214例週期性嘔吐患兒的研究中，82%的患兒伴有偏頭痛（J. Pediatr. 1999:134:567-72）。