如同CT影像，MRI影像也是重建的數位化影像，能清晰顯示人體深部的解剖結構，但MRI影像的灰度代表的是組織結構的MR信號強度，反映的是弛豫時間的長短。與CT檢查的單一密度參數成像不同，MRI檢查有多個成像參數和多系列成像的特點，囙此人體不同組織可有不同的信號強度，同一組織在不同序列上也可具有不同的信號強度而表現為不同的灰度，MRI檢查就是根據這些灰度進行疾病診斷的。
MRI尚有以下諸多特點：MRA（磁共振血管造影）是基於流空現象，不使用對比劑即可使血管及其病變成像（圖11）；MRI還可以使用重T2WI科技，使富含游離水的器官結構呈高訊號而顯影，即磁共振水成像（圖12）；MRI功能成像（fMRI）可提供人體的功能資訊，它包括了DWI、PWI和腦活動功能成像；磁共振波譜（MRS）是利用磁共振化學位移現象測定組成物質分子成分的一種科技，也是現時唯一可測的活體組織代謝物的化學成分和含量的檢測方法。
圖11.3DTOF法MRA，無需注射對比劑即可顯影顱內腦動脈。
圖12.MRCP，清晰顯示肝內外膽管、胰管。
MRI檢查以其多參數、多序列、多方位成像和高軟組織分辯率等特點以及能够行MR成像、血管造影、功能成像和波譜成像等獨特的優勢，現時已廣泛應用於人體各個系統的檢查。MR成像的磁場强度一般不會對人體健康造成損害，是一種無創性的檢查，基本適用於各年齡段人群。它在中樞神經系統顱腦、脊髓的應用最具備優勢，可清晰顯示腦組織的解剖細節（圖13），有助於顱內病灶的定位、定性診斷，對腦脫髓鞘疾病、腦梗死、腦和脊髓腫瘤、血腫、先天變異等有較高的診斷價值，更由於其無創傷性，使之更易推廣應用MRI，使得腦梗死的早期診斷得以實現。例如：一個頭暈、右側肢體麻木（早期腦梗死）的患者就診，急診頭顱CT檢查顯示的腦組織可能未見明確异常，再行頭顱MRI檢查，由於MRI的軟組織分辯率高於CT，可早期發現腦梗死等病變。
圖13.正常頭顱M R橫斷影像，圖A為T1WI影像，圖B為T2WI影像，清晰顯示腦組織解剖細節。
MRI檢查的不足之處：MRI對鈣化不敏感，對於骨骼系統以及胃腸道方面的檢查也有一定的限度；對於呼吸系統病變的顯示和診斷遠不及CT檢查；一些病人體內由於有鐵磁性植入物、心臟起搏器或有幽閉恐懼症等而不能行MRI檢查；此外，MRI檢查時間較長、費用較高，設備不如CT那麼普及。
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