陰道B超是輔助生殖醫學中主要的輔助檢查科技，常用於自然週期或促排卵週期中監測卵泡生長情况，評估子宮內膜狀態，指導促排卵藥的合理使用，降低相關併發症如：卵巢過度刺激、多胎妊娠等的發病率。
自然週期中陰道B超的應用包括對卵泡的監測和對子宮內膜的監測。
1.自然週期中對卵泡的監測：陰道B超（TVUS）可以檢測到直徑為3～5mm的竇卵泡。直徑達到8-10mm的稱為優勢卵泡，約出現在月經週期的第8天左右。優勢卵泡以每天約新增2mm的速度生長直到排卵，隨優勢卵泡的生長，非優勢卵泡逐步閉鎖。卵泡在排卵前可出現一些現象，如圍繞卵泡邊界線反光减低；成熟卵泡逐漸向卵巢邊緣靠近；卵泡顯示很飽滿且張力佳，圓形且內含清亮卵泡液。在監測正常排卵女性的月經週期中，排卵前卵泡直徑的波動較大：17.4—27.0mm，平均直徑為21.5mm。大多數排卵後卵泡消失，且約一半的女性可發現子宮直腸凹陷有液性暗區，永續存在至排卵後的4～5天。
2.自然週期中對子宮內膜的監測：陰道B超可直觀的瞭解內膜的變化。卵泡早期內膜薄呈線狀，隨卵泡的發育、雌激素分泌新增，TVUS可發現內膜同步增厚呈三線狀，即子宮內膜外層和中部强回聲以及內層低回聲或暗區，官腔中線回聲明顯。一般自然週期排卵日子宮內膜厚度>7mm，週期妊娠率高。但也有人指出子宮內膜厚度與妊娠率無相關性，子宮內膜的類型才是影響妊娠率的因素，排卵日A型內膜有利於妊娠，而B型和c型則預示低妊娠率。