骨科門診中，有的患者因行動不便或是圖省事，常要求做CT來替代普通X光片檢查或者要求用磁共振（MRI）代替CT檢查，認為磁共振（MRI）成像比CT清楚，CT比X光檢查清楚。要用MRI結果代替X線和CT，只要求做1次檢查。這種觀點是不正確的，三種檢查手段是不能互換替代。
X線疾病初篩的首選檢查X線檢查費用低廉，適合多數患者常規檢查，尤其是疾病初篩的首選檢查管道。對於骨折移位、有骨質改變的骨病、關節部位骨性病變、不透光异物存留、心肺器質性疾病、消化系統梗阻等疾病有很好的診斷價值。
另外，X光片能發現患者在改變體位時才感覺到不適的疾病。尤其是動力比特片檢查，現時在國內尚極少能用磁共振替代X光檢查的。
CT可顯示出血管病變CT檢查在顯示橫斷面方面明顯優於X光片，尤其是對密度高的組織顯像清晰，對於量測骨性結構之間的距離精確度高。CT能清晰的顯示血管走向及血管病變，對腫瘤的檢查靈敏度明顯高於普通X光片。而且，多排螺旋CT能進行三維成像，有助於立體顯示組織和器官病變。但是，CT掃描限於技術員的專業水准不同及掃描層面間隔限制，不能整體的閱讀檢查部位的資訊，導致有一定的漏診率。另外，CT對軟組織顯像清晰度和分辯率不高。
MRI查軟組織效果更好磁共振（MRI）與X光和CT檢查最大的不同在於檢查過程中沒有X線輻射，對機體的損害很小。主要用於發現軟組織疾病，在骨科主要用於發現椎間盤病變、脊髓病變、半月板病變、炎性病變和出血性病變等。通過不同的處理科技能早期發現松質骨骨折如椎體骨折、骨盆骨折；早期發現炎性疾病如股骨頭無菌性壞死、骨結核、骨腫瘤等。MRI對血管方面的疾病靈敏度高。但是，MRI也是有缺點：一是普通MRI檢查費用相對較昂貴；二是每個部位檢查時間較長；三是對部分骨組織的顯像精確度不如CT；而動態MRI費用是動態X光片的數10倍。
囙此診斷中，脊柱骨折、脊柱滑脫、脊柱畸形、脊柱失穩等疾病首選X光片檢查；判斷是否為新鮮骨折時可以使用脫脂相MRI檢查；在診斷椎間盤病變尤其是頸椎病的診斷時，首選MRI檢查，在進行脊髓形態、脊髓畸形、脊柱腫瘤、脊柱結核等疾病檢查時亦首選MRI。對於脊柱骨折、椎管病變、關節突關節病變診斷中，CT檢查有著不可替代的優勢。總之，三者是不可相互替代，不是越貴的檢查越能發現問題，就診時要遵從醫生的檢查要求，以便能儘早、準確的發現問題。