MRI與超聲都具有無電離輻射、無創傷、可任意平面成像的優點。超聲作為產前評估胎兒的首選影像學方法,安全、經濟、方便、實时是其明顯優勢。但超聲也有一定的局限性,空間及組織分辨力,對於孕婦體型肥胖、羊水過少、成像區氣體較多,妊娠晚期胎頭入盆後受母體骨盆影響,顯示影像差。特別是在評估中樞神經系統病變方面,超聲存在一定局限性,在一些病變中缺乏特异性表現;妊娠晚期胎頭人盆後超聲觀察顱內解剖較局限,後顱窩病變顯示不清;微小的腦實質异常通常在超聲中不能看到。MRI則不受上述因素的影響,具有較高的空間分辨力及組織分辨力,特別是在中樞神經系統异常,後顱窩病變的診斷中,較超聲存在明顯的優勢。MRI視野範圍明顯較超聲大,能同時顯示母體盆腔及胎盤的异常。
但從經濟角度上,MRI較昂貴,不如超聲經濟、方便,不能實时成像。而且在某些病變的顯示中,MRI顯示不如超聲清晰,例如心臟方面病變,MRI不能放置胎兒心電門控而不能正確評估。還有一些小的脊髓脊膜膨出,及小的蛛網膜囊腫可能由於部分容積效應,顯示欠清。所以MRI可作為超聲的一種補充方法,能為發現异常的胎兒提供更多、更全面的資訊,但不能取代超聲的地位。