在臨床上，現時顱腦CT掃描是診斷腦出血的首選方法，如做常規CT掃描未顯示病灶時，專家指出可以做磁共振（即MRI）掃描。而通常MRI的費用會比CT高一些，有些患者和家屬可能就會產生這樣的疑問：診斷腦出血MRI一定比CT好嗎？
近年來，磁共振成像發展十分迅速，檢查範圍基本上覆蓋了全身各個系統。MRI掃描的最大優點是，它是對人體無傷害的安全、準確的影像診斷方法。通常情况下，由於CT對於腦出血的診斷陽性率可以達到100%，並且檢查迅速，囙此大部分情况下都沒有必要再作MRI檢查，而且在腦出血急性期MRI檢查也未必一定比CT好，這是兩種不同原理的檢查。
CT所反映的是血紅蛋白從血管溢出、溶解、吸收的過程，急性期新鮮血腫表現邊緣清楚，密度一致的高密度影像；而MRI則反映的是血腫內的血紅蛋白由氧合、脫氧到正鐵血紅蛋白，最後演變為含鐵血黃素的全過程，囙此MR訊號表現較複雜，往往與出血的量及血腫內血紅蛋白的演變時機和MRI設備磁場强度有關。當出血較少，並在超急性期（24小時內）時，MR成像在T1WI可以是低或等訊號，T2WI則呈高或等訊號。這樣一來，MRI掃描反倒不如CT診斷血腫那樣清楚明確。
另外，MRI檢查掃描時間長，對危重或不能合作的病人難於完成，同時患者體內有金屬异物也不能進行該項檢查。但在進一步明確病因診斷上，如腫瘤或血管畸形等病因的鑒別時，MRI檢查往往要優於CT。
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