先天性心臟病外科手術在現時仍為先心病的主要治療方法。但外科手術需開胸、體外迴圈、住院時間長及發生與開胸手術有關的併發症，還有美容問題等，而非開胸的先天性心臟病介入治療，可以减少或克服以上由於外科手術所引起的種種不足。但另一方面，現時先心病先天性心臟病介入治療的疾病，大部分為現時外科可常規進行開胸手術的簡單先心病，一部分為複雜先心病分期手術中替代外科進行的姑息治療。
應指出介入性治療是借助於X線透視、各種超聲（二維、都卜勒、三維）指引下通過心導管操作對先心病進行介入性治療，囙此外科手術是真正意義上的直視手術，除少數病變外都可在開胸直視下進行解剖或生理糾治。而先天性心臟病介入治療術是有條件的，有一定限度的，其適應證範圍較外科手術為小，如果適應證及介入資料選擇不當可引起併發症，囙此對每例需進行先天性心臟病介入治療的先心病，術前需進行系統的非侵入性及心導管術檢查以提供先心病病理解剖、血流動力學及心功能情况必要時還需電生理資料，以供先天性心臟病介入治療適應證的選擇。通常不需外科手術的輕度先天性心血管畸形，亦毋需經導管先天性心臟病介入治療。反之外科手術禁忌證除心血管因素的原因外，通常亦為介入性治療的禁忌證，如伴有器質性肺動脈高壓。
由於先心病病理解剖類型、病情輕重及年齡不一，所應用介入性治療資料不一，其應用有一定限度。根據不同的介入資料及方法，並經長短不一的應用後隨訪結果，方能作出適應證的選擇。如肺動脈瓣狹窄及主動脈瓣狹窄可分為典型的及發育不良型，前者為球囊擴張術的指征，後者效果不佳。對於依賴動脈導管開放方能生存的先心病，為動脈導管封堵術的反指征。室間隔缺損的肺動脈下型，由於封堵術後影響主動脈瓣功能，現時不是先天性心臟病介入治療指征等。另外適應證選擇需考慮到病人年齡，年齡愈小，體重愈輕，先天性心臟病介入治療插入的血管內徑及心腔亦愈小，給操作及先天性心臟病介入治療的裝置安放帶來困難，並且引起的嚴重併發症亦多。應指出在嬰兒期即早期出現症狀的先心病多為重症，並常伴有多發畸形，囙此術前需對這些病人進行精確的心臟畸形的解剖及生理評估，以確定選擇最合適的治療管道。適應證的選擇隨著較多病例的術後隨訪，以確定最有效、安全的適應證，並進行不斷的修正。同時每一心臟中心，需根據各自的專業特點、專業醫師的科技水准、設備條件及內外科醫師合作的習慣等决定先心病先天性心臟病介入治療及內外科鑲嵌治療的開展。