磁共振圖像是通過採用特定的成像序列掃描而獲得的。現時，臨床上最常用的是自旋-回波序列（SE序列）。通過改變序列中的TR（射頻重複時間）和TE（回波時間）兩個參數，可分別獲得質子密度β、T1和T2的加權影像，三種不同成像參數的加權影像，各分別代表了組織的三種不同的磁共振特性，藉以分辨正常組織並識別病變。此外，還有反轉回復序列（IR序列），此序列所得到的影像，能重度體現組織的T1特徵（重度T1加權）；飽和回復序列（SR序列）為質子密度加僅序列；部分飽和序列（PS序列）為T1加權序列。這些序列都不如SE序列更受歡迎，應用也不很廣泛。
快速成像序列有效地推進了磁共振成像術的臨床應用。例如從西德引進的RARE序列，是一個重度T2加權的成像序列，它在顯示病灶方面有很高的敏感性。FLASH、FISH等序列也是快速成像序列，它們的掃描成像時間以毫秒計算（常規序列的掃描成像時間，一般以分秒計算），囙此，在很大程度上克服了磁共振成像掃描時間長的致命弱點，為動態磁共振成像和磁共振成像電影攝影，創造了必要的條件。
對病人進行磁共振成像檢查時，要避免帶有含鐵等順磁性物質的物品，如手錶、金屬項鍊、假牙、金屬鈕扣、金屬避孕環等進入檢查室，因為這些帶有順磁性物質的物品，可影響磁場的均勻性，使影像中產生大片的無訊號偽影，不利於病灶的顯示。帶有心臟起搏器的病人，嚴禁做磁共振成像檢查。對體內有金屬彈片存留、術後有銀夾殘留（銀夾成分中可能含有少量順磁性物質），金屬性內固定板、假關節等的病人，磁共振成像檢查要持慎重態度，必需檢查時要嚴密觀察，病人如有局部不適，應立即中止檢查，防止彈片、銀夾等在高磁場中移動，以致損傷鄰近大血管和重要組織。
在磁共振成像掃描過程中，病人須保持平衡呼吸，减少吞咽動作，避免自主或不自主的軀體和四肢運動。對難以配合檢查的兒童或神志不清的病人，可酌情使用一些鎮靜藥物。進行磁共振成像檢查時，還需正確地選用切層方向和不同的成像參數加權的脈衝序列，以便在儘量短的時間內，對疾病作出定位和定性的診斷，一般常規為除脊柱和脊髓的檢查外，多數都先作快速T2加權橫斷面成像，以便初步判斷病灶的有無及其T2值的長短。然後進一步作SE序列T1加權的冠狀或矢狀切面成像，以明確病灶與其鄰近結構的解剖關係，以及病灶T1值的長短。如經上述檢查尚未解决問題，還可以酌情兼作長TR的SE多回波序列。此序列的第一回波像為質子密度加權影像，軟組織的解剖分辯率較高；第四回波像為T2加權影像，有利於組織的對比分辨。多回波成像序列的掃描時間較長是它的不足。脊柱和脊髓有上下走行的解剖特點，檢查時宜先作快速T2加權和SE序列T1加權的矢狀切面成像掃描，最後可依所示的可疑病變部位，進一步作快速T2和/或SE序列T1加權橫斷切面成像掃描，以判定病灶的特性及其與脊髓等的關係。
上腹部的磁共振檢查（肝、胰、腎、腎上腺等的檢查）宜空腹，檢查前飲足量的水分，可使胃與肝左葉、脾臟等的界限顯示得更加清楚。