翼龍之所以不屬於恐龍，主要是因為兩者所屬的類目不同，它們都是源自鳥頸類主龍，但是後來分化為兩個物種，所以翼龍和恐龍不是從屬關係。而且恐龍的國際定義中也表示它是一種後肢能直立行走的爬行類，而翼龍不能直立行走。
翼龍為什麼不屬於恐龍
翼龍之所以不屬於恐龍，其實可以直接從兩者的進化過程或者生物定義來看，一是從進化過程的角度來說，恐龍和翼龍的整個演化樹中可以追溯到一個源頭，也就是某種爬行類，因為兩者的頭骨上都有著雙孔結構，這很好的說明了翼龍是恐龍的近親。不過翼龍的身體結構和恐龍完全不同，翼龍的第五指退化，而第四指延長，腿部和手指間也出現了翼膜，而恐龍則沒有這些特點。
而這些身體結構的不同也使得它們沒法分在同一個種屬，按照演化樹的發展可以看出，在鳥頸類主龍的分類中直接演化出兩個大類，一是偽鱷類，後來演化為現代鱷魚，二則是鳥跖類，這類中則分為翼龍和恐龍兩個類，所以兩者屬於平行的物種關係，而不是誰屬於誰的從屬關係。
而如果是從生物定義上來看，其實國際上早就將恐龍定義為“生活在距今2.35億到6500萬年前的能後肢直立行走且已經滅絕的陸地爬行類”，而翼龍很明顯不屬於這一種，因為翼龍無法使用直立行走，它的前肢長有碩大的翼膜，在行走時需要四脚支撐。
翼龍和恐龍的區別
翼龍和恐龍最大的區別就是，翼龍是會飛行的爬行類，而恐龍則成為了陸地上的霸主。其次翼龍和恐龍本身的外形和骨骼結構都完全不一樣，因為翼龍的翅膀都是由皮膚和骨骼組成的，而不是像鳥類的羽毛，所以很多人問翼龍是鳥類的祖先嗎，答案都是否定的，而且翼龍大多擁有著非常短的前掌骨和异常修長的第五根脚趾。