棚室青椒由於光照、溫度、水分、肥料、氣體管理不當，常會引起各種生理病害。主要有以下幾種：
1.長期陰雨雪，揭簾見光時間過短，會引起辣椒葉片大而薄，植株莖稈細長、瘦弱、黃化，甚至死亡。
2.長時間强光照射和高溫乾旱，容易造成植株生理失水而萎蔫。
3.溫度偏低，可使幼苗期的子葉和真葉反卷，莖葉產生花青素，形成小老苗；溫度偏高可使幼苗形成高脚苗，成株期植株瘋長，坐果率降低，或者葉片褪綠變成黃白色，使根系木質化；水分過多時，植株根系會因缺氧而變成黑褐色，新根難以生長，老根變黑腐爛，植株不能吸收養分，時間過長會導致植株死亡；水分不足時，苗期易形成老化苗，植株凋萎不振，葉片難以伸展，成株期易產生黃化和枯萎等症狀。
4.冬季棚膜內層形成的凝結水珠滴落在青椒苗上可引進葉片變色、失綠，出現葉片傷害甚至死亡。
5.施入未腐熟的有機肥，容易引起燒根或燒苗，也容易產生氨氣，如通風不良，氨氣積累，可引起植株葉片葉綠體解體，葉脈間出現點塊褐斑或條狀斑。另外，加溫溫室由於燃煤產生的一氧化碳和二氧化碳，累積到一定濃度，會引起蔬菜葉片出現暗綠色水漬狀斑。
6.棚室內外溫差較大時，進行突然大通風，容易造成植株大量失水，葉片萎蔫，葉緣乾枯，葉色變白，葉片幹尖甚至開裂。
防治方法：
1.棚膜要注意經常擦洗，新增其透光率，長期陰天時有條件的可新增照明設備，以保持良好的光照條件。
2.低溫期加强保溫措施，儘量不採用燃煤加溫，以免產生有毒氣體；高溫期要注意通風排濕降溫管理，避免高溫高濕，並注意在溫差大時千萬不可搞突然性的大通風，應及時通風，由小到大，循序漸進。
3.棚室最好採用無滴膜覆蓋，以免產生水珠傷害青椒植株。
4.施用的各種有機肥應充分腐熟。氮素化肥一次施用量不宜太多，同時還要注意各元素肥料的搭配使用。