治療慢性前列腺炎可以根據前列腺炎患者的病史、症狀、直腸指診和前列腺炎檢查來診斷，並不是很困難，但是前列腺炎的症狀複雜、體征不典型，治療時應與下列疾病進行鑒別：
診斷鑒別
1、前列腺痛：這些患者表現為持續的尿頻、尿痛、排尿困難，會陰、下腹、腰骶等部位疼痛不適，久坐、騎車後加重。直腸指診檢查兩側肛提肌壓痛明顯，攝護腺觸診正常而無壓痛。以往此症被稱為梨狀肌肛提肌症候羣，前列腺液鏡檢正常，細菌培養無生長。
2、攝護腺膿腫：大多數為急性細菌性前列腺炎的併發症，多發生在50～60歲，半數病人有急性尿瀦留，尿頻，排尿困難，直腸不適，尿道流膿，有的伴有附睾炎。直腸指診前列腺病側增大，觸之軟，有波動感。偶爾攝護腺膿腫可自然向尿道破潰，也可向直腸破潰，被誤認為直腸周圍膿腫。
3、前列腺結石：指發生在攝護腺腺泡內和腺管內的結石。與攝護腺慢性炎症，前列腺液瀦留，腺管狹窄，代謝紊亂等因素有關。無機鹽如草酸鈣、磷酸鈣、磷酸鎂等沉積在攝護腺腺泡內的澱粉樣體，上皮細胞和炎性滲出物上形成結石，患者可表現有慢性前列腺炎的各類症狀，但直腸指診檢查可捫及攝護腺有結石摩擦感，骨盆x線在耻骨聯合區一側有陽性結石影，超聲波檢查可在前列腺結石部位出現强光帶，並有聲影。
4、攝護腺結核：症狀與慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系結核或其他部位結核病灶的病史，直腸指診檢查攝護腺呈不規則結節狀，附睾腫大變硬，輸精管有串珠狀硬結，前列腺液結核桿菌直接塗片或pcr檢測有結核菌。
5、前列腺癌：晚期可出現尿頻、尿痛、排尿困難等症狀，但患者常有消瘦、乏力、貧血、食欲不振等明顯全身症狀，直腸指診攝護腺有堅硬如石的腫塊，表面高低不平，血清攝護腺特异抗原及攝護腺酸性磷酸酶增高。攝護腺穿刺活檢可發現癌細胞，超聲波檢查可見腺體增大，邊界回聲不整齊或有缺損，內部光點不均勻，癌腫部位有較亮光點或光團。ct檢查可見攝護腺形態不對稱，若腫瘤向包膜外浸潤，可見精囊和膀胱後壁的組織間隙消失。ct可確定前列腺癌的浸潤程度。
6、耻骨骨炎：臨床上常表現為慢性前列腺炎的症狀，但肛診及前列腺液檢查正常。主要特徵是耻骨聯合處有明顯壓痛，攝骨盆x線片示耻骨聯合間隙增寬>10毫米，雙側耻骨上支水准相差>2毫米，耻骨聯合邊緣不規則，出現侵蝕和反應性骨硬化。
7、急性腎盂腎炎：急性腎盂腎炎多見於女性，男性極少見，急性腎盂腎炎導致的腰痛多為一側腎區，且叩擊痛明顯。急性前列腺炎引起的腰痛多為腰骶部中央，腎區無叩痛。急性前列腺炎前列腺液中可見大量膿細胞，急性腎盂腎炎主要為尿液性質的改變。