一、西醫對於慢性非細菌性前列腺炎的病因並不十分清楚，現時認為可能存在的因素有：
1、感染性因素
（1）支原體感染。
（2）病毒感染。
（2）衣原體感染。
2、非感染因素
（1）攝護腺反復充血：有認為頻繁且過度的性刺激引起攝護腺的反復充血是導致青壯年患者慢性前列腺炎的原因之一；
（2）尿液返流，因為，很多成年男性通過B超檢查發現攝護腺內有結石，但X線平片不能檢出；
（3）免疫因素：許多學者研究發現，慢性前列腺炎患者前列腺液中的IgA、IgG、IgM升高，特別是IgA升高明顯；
（4）緊張因素：有研究認為緊張可引起非淋菌性前列腺炎，不用藥物、不進行攝護腺按摩，而僅僅施行以放鬆為目的的行為療法治療非淋菌性前列腺炎，甚至提出以“緊張性前列腺炎”來命名這一類疾病。但同樣的問題是緊張是始動因素（原因）還是終結表現（結果），現時尚缺乏足够的依據。
二、中醫病因學認為：
1、房室因素：中青年男性，思想活躍，性欲旺盛。若有過度而頻繁的性刺激，致使陰莖持續性勃起，但無正常、完整的射精過程者。
2、有過非婚性行為：淋菌性病毒的感柒。治療後期不注意保健。
3、飲食因素：嗜食辛辣刺激性食物，過度飲酒等，不僅滋生濕熱，而且酒後易致亂性。
4、起居因素：駕車、辦公等久坐不起；或飲水較少；或小便忍持。
5、其他不良因素：涉水、淋雨、感冒風寒等。