梅毒潜伏期的時間，其實是不定的，這也給治療帶來一定的難度。其實梅毒病人感染梅毒後發病時間長短不一，一般2-4個星期發病。就出現一期梅毒症狀來說，梅毒潜伏期從10天到90天不等。如果感染梅毒螺旋體數量多或被感染者身體狀況差，則發病較早。
感染梅毒經過一定的活動期，由於機體免疫性增强或不規則治療的影響，症狀暫時消退，但未完全治癒，梅毒血清反應仍陽性，腦脊液檢查正常，此階段稱為潜伏梅毒。
感染兩年以內者稱早期潜伏梅毒，因尚有20%左右病人可發生；二期復發梅毒的可能性，故應視為仍有傳染性。感染兩年以上者稱晚期潜伏梅毒，其傳染性較小，但15%～20%可發生心血管或神經梅毒，15%左右可發生三期皮膚、粘膜或骨骼梅毒。患潜伏梅毒的孕婦，仍有發生先天梅毒兒的可能。