1、使用的方法不正確。避孕套必須在性交前戴在勃起的陰莖上，並且應在射精後於陰莖疲軟前用手捏住安全套口邊緣，使陰莖和安全套一起退出陰道。若不注意其使用要點，其避孕和防止性病的作用就會大打折扣。
2、避孕套保護範圍有限。若其中一方在陰莖根部或女性大小陰唇患有尖銳濕疣、生殖器皰疹、梅毒硬下疳等疾病，也有被感染的可能性。
3、使用避孕套的失敗率較高。調查發現，在各種避孕措施的失敗者中，用安全套的占14%。
4、避孕套的質量難以保證。專家們就避孕套的鬆緊、膨脹和張力試驗3項標準，對多種安全套進行測試，結果發現，即使符合標準的安全套在使用時也會發生破裂。在表面上塗上潤滑劑的安全套的强度會明顯下降。