1、手術拔甲：適於單發的灰指甲，在局部麻醉下，將患甲拔除。這種方法傷口大，出血，易引起感染。手術後一般會感覺較疼痛，容易重新感染復發，由於“治標不治本”，臨床極少使用。而且心臟病、高血壓、糖尿病等的患者，不宜手術治療。這是灰指甲的治療方法之一。
2、內服藥物：適於多個指（趾）甲同時患病者，此法在臨床上早有應用，如特比萘芬片、灰黃黴素及酮康唑均有一定療效，且方便。但因為這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，用藥量大，用藥時間長，有副作用，且停藥後易復發，故不宜作為灰指甲的常規治療藥物。
3、外用療法：外用療法較安全，一般無痛苦、是治療灰指甲的首選療法。根據藥劑不同，主要有浸泡、局部塗藥和封包削治等方法。這也是灰指甲的治療方法。