治療灰指甲一般選用外用藥物，根據藥劑不同，主要有浸泡、局部塗藥和封包削治等方法。治療時需配合去除病甲，外用藥物方便安全，無痛苦、無副作用效果理想。
1、土茯苓、苦參、白蘚皮、僵蠶、全蟲、蜈蚣、白花蛇等中草藥，採用大劑量、大濃度，每次洗、泡二十分鐘以上。採取手足整個甲板浸泡的方法進行治療，以達到藥物强力滲透至甲板深部及皮膚角質層，徹底殺滅寄生在甲板角質內以及周圍皮膚角質層內所有的真菌，使灰指甲得到整體治療而根治，杜絕復發的產生。病甲全部剪掉，如長出新指甲應持續鞏固用藥。
2、取20瓣大蒜，除去外皮，切碎或搗爛，放入帶塞廣口玻璃瓶中。加入食用醋150毫升浸泡一天，即可使用。將病指甲浸入溫水5分鐘，把指甲泡軟，用剪刀剪去或刮去可以除去的病指甲，將剪掉的病指甲插入大蒜浸液15分鐘。每日3次，一周即可見效。如未痊癒，可按上法再治一個療程。也可以用藥棉蘸大蒜浸液敷在病指甲上。如果脚趾甲患有灰指甲，用此法同樣有效。大蒜浸液可長期保存，反復使用，用此法治腳癬也有效果。
3、還可用10%的碘酒、6%的水楊酸、30%的冰醋酸、8%的環吡酮胺軟膏、5%的阿莫羅芬甲外塗，可選用上述五種塗液中的任何一種，每日塗病甲1～2次，用藥前應先把病甲刮薄。可堅持塗藥至新甲長出，一般需治療3～6個月。塗藥時應避免將藥液塗到甲周皮膚上，以免損傷皮膚。